Discussion on the development of spatsampling

ToDo:

1. FEITO ajustar nomes de argumentos (krig → krige, loc.pred → locations, etc) em conformidade com geoR
2. FEITO chamadas de likfit(…, messages=FALSE), krige.conv(…, messages=FALSE)
3. definir/atribuir classes para saidas das funcoes principais: oldClass(lik.results) ← c(“spatsampling”) incluind classe summary.spatsampling
4. escrever print.spatsampling(), summary.spatsampling() e print.summary.spatsampling() para saída da anealling (e demais)
5. Fazer funcoes retornarem geodata. PJ informar para Ramiro como fazer o subset.geodata de forma adequada apra que as funcoes retornem geodata com atributos

To think about:

1. FEITO opções para definir localizações de predição em annealing. A função no momento usa as localizações dos dados originais, mas pode ser interessante considerar: (i) dos dados complementares aos selecionados, (ii) posições definidas pelo usuário
2. FEITO annealing: interface para definição/procura de temperatura inicial com semântica (chamadas) simplificada
3. FEITO mensagens onde pode demorar, e.g init.temp() … searching for initial temperature (this can take a while…)
4. entra sp sai sp , entra geodata sai geodata (?)

mudanças na geoR:

1. máscara para acomodar sp: máscara geral na geoR, convertendo para geodata e fçs chamariam esta máscara no início?
2. uma fast.krige.conv(), calculando apenas a variâncias

1. pensar o que retornar (indices com classe ou geodata)
2. pensar como definir os métodos (summary, print, plot)
   • e.g. plot pode ser: pts selecionados e totais
   • summary pode ser do geodata resultante ou do algorítmno
3. FEITO object.control() documentado separadamente
4. FEITO verificar \alias{} para todas as fucs documentadas conjuntamente
5. retirar maxEntropy() para 1a versao até que se resolvam os problemas (?)
6. heuristics como soluacao inicial para demais – passar por objeto/classe
7. heuristics para fornecer iniciais para genetico? como selecionar varias (Npop)???
   • ideia: roda opcoes do algortimo e completa Npop com mutacoes ????
   • ou… para evitar homgeneidade roda opcoes do algortimo e completa Npop com aleatorias
8. checar se knearneigh() pode ser trocada por near.locations??? da geoR
9. FEITO opcao para usar init.temp externamente e passar para annealing que neste caso pularia o passo

(via classe) passando apra o argumento de annealing

1. criar doc separado para annealing auxiliar (??) incluindo, por ex, init.temp e SA.control