====== Discussion on the development of spatsampling ======

=== Pira 08/09/2008 ===
**  ToDo:**
  - **FEITO** ajustar nomes de argumentos (krig -> krige, loc.pred -> locations, etc) em conformidade com geoR
  - **FEITO** chamadas de likfit(..., messages=FALSE),  krige.conv(..., messages=FALSE)   
  - definir/atribuir classes para saidas das funcoes principais: ''oldClass(lik.results) <- c("spatsampling")'' incluind classe ''summary.spatsampling''
  - escrever print.spatsampling(), summary.spatsampling() e print.summary.spatsampling() para saída da //anealling// (e demais)
  - Fazer funcoes retornarem ''geodata''. PJ informar para Ramiro como fazer o subset.geodata de forma adequada apra que as funcoes retornem geodata com atributos

**  To think about:**
  - **FEITO** opções para definir localizações de predição em //annealing//. A função no momento usa as localizações dos dados originais, mas pode ser interessante considerar: (i) dos dados complementares aos selecionados, (ii) posições definidas pelo usuário
  - **FEITO** //annealing//: interface para definição/procura de temperatura inicial com semântica (chamadas) simplificada
  - **FEITO** mensagens onde pode demorar, e.g init.temp() ... searching for initial temperature (this can take a while...)
  - entra sp sai sp , entra geodata sai geodata (?)

** mudanças na geoR:**
  - máscara para acomodar //sp//: máscara geral na geoR, convertendo para geodata e fçs chamariam esta máscara no início?
  - uma fast.krige.conv(), calculando apenas a variâncias

=== Pira 29/09/2008 ===
  - pensar o que retornar (indices com classe ou geodata)
  - pensar como definir os métodos (summary, print, plot)
     * e.g. plot pode ser: pts selecionados e totais
     * summary pode ser do geodata resultante ou do algorítmno
  - **FEITO** object.control() documentado separadamente
  - **FEITO** verificar \alias{} para todas as fucs documentadas conjuntamente (O pacote já passou por todos os testes do CHECK !)
  - retirar maxEntropy() para 1a versao até que se resolvam os problemas (?)
  - **FEITO** heuristics como soluacao inicial para annealing -- passar por objeto/classe
  - **FEITO** heuristics para fornecer iniciais para genetico? como selecionar varias (Npop)???
     * ideia: roda opcoes do algortimo e completa Npop com mutacoes ????
     * ou... ** para evitar homgeneidade roda opcoes do algortimo e completa Npop com aleatorias **
  - checar se knearneigh() pode ser trocada por near.locations??? da geoR 
    * A função near.loc da geoR identifica apenas o vizinho mais próximo de cada ponto. A função precisaria ser estendida para identificar os k vizinhos mais próximos de cada ponto
  - **FEITO** opcao para usar init.temp externamente e passar para annealing que neste caso pularia o passo (via classe) passando apra o argumento de annealing
  - criar doc separado para annealing auxiliar (??) incluindo, por ex, init.temp e SA.control