Diferenças

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--- software:art:curso:scriptleitura [2007/12/12 00:23] – paulojus
+++ software:art:curso:scriptleitura [2007/12/12 15:11] (atual) – paulojus
@@ Linha 5: / Linha 5: @@
 </code>
-. conectando ao banco de origem dos dados e importando dados desejados para o R
+//
+//
+** 1. conectando ao banco de origem dos dados e importando dados desejados para o R **
 Abrindo a conexão
 <code R>
 cnn <- openConn(user="curso", pass="fiocruz", host="guaja.est.ufpr.br", port=3306)
 showDbs(cnn)
-</code R>
+</code>
 Abrindo e inspecionando o conteúdo o Banco
@@ Linha 17: / Linha 19: @@
 db <- openDb(cnn, "saudavel", up=T )
 db
-</code R>
+</code>
-Abrindo o Layerdas armadilhas
+Abrindo o //Layer// das armadilhas
 <code R>
 la <- openLayer(db, "LAYER_ARMADILHAS")
 la
-</code R>
+</code>
 Abrindo a tabela Coletas
@@ Linha 29: / Linha 31: @@
 coleta <- openTable(la, "COLETAS")
 coleta
-</code R>
+</code>
 Puxando os dados da tabela coleta - "COD_ARMADILHA", "DATA_COLETA", "NRO_OVOS"
@@ Linha 36: / Linha 38: @@
 dim(aed)
 names(aed)
-</code R>
+</code>
 Formatando como Data
@@ Linha 44: / Linha 46: @@
 vendo o período de dados disponíveis)
 range(aed$DATA_COLETA)
-</code R>
+</code>
 Definindo os 4 Grupos das armadilhas
@@ Linha 55: / Linha 57: @@
 head(aed)
-</code R>
+</code>
 Pegando os pontos (coordenadas das armadilhas)
@@ Linha 62: / Linha 64: @@
 pts[1:10,]   # em formato sp: SpatialPointsDataFrame
 head(coordinates(pts)) # em formato de matriz
-</code R>
+</code>
-Pegando os polígonos
+Pegando os polígonos\\
-## Abrindo o Layer de Poligonos dos bairros
+Abrindo o Layer de Poligonos dos bairros
 <code R>
 lb <- openLayer(db, "IBGE_Bairros")
 aed.poly <- getPolygons(lb) ## formato sp (SpatialPolygons)
-</code R>
+</code>
 Se quiser convertar para uma lista de polygonos para facilitar a manipulação do objeto...
 <code R>
 poly_bai <- sapply(1:94, function(x)poly_bai@polygons[[x]]@Polygons[[1]]@coords)
-</code R>
+</code>
@@ Linha 81: / Linha 83: @@
 aed.armas <- split(aed, aed$COD_ARMADILHA)
 names(aed.armas)
-</code R>
+</code>
-. algumas análises descritivas no R
+** 2. algumas análises descritivas no R **
 Plotando dados da evolução de ovos de uma armadilha:
@@ Linha 92: / Linha 94: @@
      xpd = TRUE, cex = 0.6)
 mtext(side=1, line=3, "Data") ## veja o gráfico!
-</code R>
+</code>
 Criando uma função para plotar graficos da evolução do número de ovos nas armadilhas...
@@ Linha 107: / Linha 109: @@
   invisible()
 }
-</code R>
+</code>
 ... e gerando os gráficos para o Bairro BT (ver a tela grafica do R)
@@ Linha 113: / Linha 115: @@
 plot.arma("BT101")
 sapply(names(aed.armas)[1:80], plot.arma)
-</code R>
+</code>
 Gerando arquivos com estes resultados (para todas armadilhas de todos os bairros)
@@ Linha 133: / Linha 135: @@
 setwd(basedir)
 getwd()
-</code R>
+</code>
-. criando um "novo" banco de dados (no caso em outro DBMS local, mas poderia ser no orginal tb)
+** 3. criando um "novo" banco de dados (no caso em outro DBMS local, mas poderia ser no orginal tb) **
 conexão com o banco local
@@ Linha 141: / Linha 143: @@
 cloc <- openConn()
 cloc
-</code R>
+</code>
 Criando novo banco
 <code R>
 BDuser <- "myDengue"
-</code R>
+</code>
 Apaga banco pré-existente (se houver) e cria novo banco ("light")
@@ Linha 154: / Linha 156: @@
 dblight = createDb(cloc, BDuser)
 dblight
-</code R>
+</code>
 Pegando mais alguns dados que usaremos no novo banco\\
@@ Linha 161: / Linha 163: @@
 proj=getProj(la)
 proj
-</code R>
+</code>
 Trazendo tabelas para o R (Exportação das tabelas do banco para o R)\\
@@ Linha 169: / Linha 171: @@
 tab
 tab2=getData(tab)
-</code R>
+</code>
 Criação do Layer ARMADILHAS no novo banco
@@ Linha 175: / Linha 177: @@
 l1=createLayer(dblight,"LAYER_ARMADILHAS", proj=proj)
 l1
-</code R>
+</code>
 Adicionando as coordenadas dos pontos (armadilhas) no banco
@@ Linha 181: / Linha 183: @@
 addPoints(l1, pts)
 l1
-</code R>
+</code>
 Adicionando a tabela estática (Importação pelo banco da tabela estática)
@@ Linha 187: / Linha 189: @@
 importTable(l1,"ARMADILHAS", id="COD_ARMADILHA", data=tab2)
 l1
-</code R>
+</code>
 Adicionando uma tabela de mídia com os graficos das evoluções de ovos nas armadilhas\\
@@ Linha 193: / Linha 195: @@
 <code R>
 midia=createTable(l1, type="media")
-</code R>
+</code>
 Adicionar dados à tabela de mídia
@@ Linha 202: / Linha 204: @@
 url[1:10,]
 addRows(midia, url)
-</code R>
+</code>
+Transferindo os polígonos dos bairros para o novo banco
+<code R>
+l2=createLayer(dblight,"BAIRROS", proj=proj)
+l2
+addPolygons(l2, aed.poly)
+createTable(l2, "tbairros")
+l2
+tbbairro <- openTable(lb, "bairro2000_rec")
+tbbairro
+tbb2 <- getData(tbbairro)
+head(tbb2)
+importTable(l2, "tbairros", id="ID_BAIRROS", data=tbb2)
+l2
+</code>
+Associando uma tabela de mídia com filmes ''.avi'' com a evolução dos ovos segundo um modelo GAM (generalised additive model). O código para os filmes não está mostrado aqui e está disponível na pagina do saudavel no wiki.
+<code R>
+medbairro <- createTable(l2, type="media")
+url <- data.frame(object_id = c(94, 54, 55, 39, 40, 73, 51, 52),
+                  media_names=paste("http://www.leg.est.ufpr.br/~paulojus/aviDengue/gam",
+                    c("BT", "CFP", "CFP", "DI", "DI", "EM", "MCP", "MCP"), ".avi", sep=""), stringsAsFactors=F)
+url
+url1 <- data.frame(object_id=1:94,
+                   media_names=as.character("http://www.leg.est.ufpr.br/~paulojus/aviDengue/nulo.html"), stringsAsFactors=F)
+url1$media_names[url$object_id] <- url$media_names
+url1
+dim(url1)
+addRows(medbairro, url1)
+</code>
-Criando vistas e temas para a TV\\
+Criar tema/vista para visualizar os relatórios na TV e com acesso às mídias
-Criar tema para visualizar os relatórios
 <code R>
 th=createTheme(l1, "Coletas", table="ARMADILHAS", view="armas")
-</code R>
+th=createTheme(l2, "Bairros", table="tbairros", view="armas")
+</code>
+** 4. inspecionando no terraView e abrindo mídias **
   - abrir o TV
   - abrir um navegador (mozilla ou outro)
   - dar um zoom num bairro
-  - selecionar um ponto e exibir a "media default"
+  - selecionar um **ponto (armadilha)** e exibir a "media default"
+  - selecionar um **bairro com armadilha** e exibir a "media default"

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