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publications:papercompanions:ppsurvival2013 [2013/05/09 08:02] – cristianonnpublications:papercompanions:ppsurvival2013 [2013/05/09 14:47] (atual) – paulojus
Linha 1: Linha 1:
-{{gallery>:publications:papercompanions}}====== Survival analysis in plant pathology ======+====== Survival analysis in plant pathology ====== 
 Nesi, C.N.; Shimakura, S.E.; Ribeiro Jr, P.J.; May De Mio, L.L. \\ Nesi, C.N.; Shimakura, S.E.; Ribeiro Jr, P.J.; May De Mio, L.L. \\
 IDESIA 31(2)  IDESIA 31(2) 
Linha 5: Linha 6:
 ==== Supplementary Material ==== ==== Supplementary Material ====
  
-Data +  - {{:publications:papercompanions:idesia2013:data.csv|Data}} 
- +  - R code for analysis 
- +    - {{:publications:papercompanions:idesia2013:rfun.r|Functions}} 
-**R code for analysis** +    - {{:publications:papercompanions:idesia2013:script.r|R Script}}
- +
-require(survival) +
-source("Rfun.r") +
-dados  <-  read.csv('data.csv', header=T, dec=",") +
-dados$ano <- as.factor(dados$ano)  +
-dados$arvore <- as.factor(dados$arvore) +
- +
-(s1  <- survfit(Surv(tempo, status)~ cult, data=subset(dados, ano=="1"))) +
-(s2  <- survfit(Surv(tempo, status)~ cult, data=subset(dados, ano=="2"))) +
-(s   <- survfit(Surv(tempo, status)~ cult, data=dados)) +
- +
-survdiff(Surv(tempo, status)~ cult + strata(ano), data=subset(ensac, ano==1)) +
-survdiff(Surv(tempo, status)~ cult + strata(ano), data=subset(ensac, ano==2)) +
-survdiff(Surv(tempo, status)~ cult + strata(ano), data=ensac) +
- +
-fit <- coxph(Surv(tempo, status) ~ strata(ano)+ cult + frailty(arvore), data=dados) +
-summary(fit) +
- +
-(residuo.sch <- cox.zph(fit)) +
- +
-### Plots  +
- +
-par(mfrow=c(2,2),mar=c(5,4,1,1), oma=c(1,1,1,1)) +
-# kaplan meier +
-par(mar=c(4,4,1,1)) +
-plot(s, conf.int=F, lty=c(2:4), ylim=c(0.5, 1),  +
-     xlab="Survival time (days)", +
-     font.lab=2, font=2, cex=1.5, ylab="Probability of survival", +
-     main="", lwd=c(2, 3, 4)) +
-legend("bottomright", bty="n", cex=2, "a") +
-legend(0.5, 0.7, c('Cultivar A','Cultivar B',' Cultivar C'), +
-       cex=1.2, bty="n",x.intersp=0.2, y.intersp=1, +
-       xjust=0, lty=2:4, lwd=c(2, 3, 4)) +
- +
-# frailty  +
-par(mar=c(4,4,1,1)) +
-plot.frail(ensac$arvore, fit, xlab="Peach tree", +
-            font=2, font.lab=2, ylim=c(0.3,2.3), +
-           main="") +
-legend("bottomright", bty="n", cex=2, "b") +
-legend("topleft", bty="n", cex=1.2, "Frailty (p = 0,17)") +
- +
-# residuals  +
- +
-par(mar=c(4,4,1,1)) +
-plot(residuo.sch, var="cultB",font=2, font.lab=2, main="", +
-     ylim=c(-21,21)) +
-legend("bottomright", bty="n", cex=2, "c") +
-legend("topleft", bty="n", cex=1.2, "r = 0,14 (p = 0,0925)") +
- +
- +
-par(mar=c(4,4,1,1)) +
-plot(residuo.sch, var="cultC",font=2, font.lab=2, main="", +
-      ylim=c(-21,21)) +
-legend("bottomright", bty="n", cex=2, "d") +
-legend("topleft", bty="n", cex=1.2, "r = 0,12 (p = 0,1442)")+
  

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