Diferenças
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projetos:saudavel:tcc [2008/04/22 19:40] – henriqued | projetos:saudavel:tcc [2008/06/06 16:24] (atual) – henriqued | ||
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Linha 1: | Linha 1: | ||
====== TCC CE 229 ====== | ====== TCC CE 229 ====== | ||
+ | |||
+ | ++++ Códigos |<code R> | ||
+ | ## Carregando arquivos necessários | ||
+ | cat(" | ||
+ | library(aRT) | ||
+ | library(geoR) | ||
+ | source(' | ||
+ | |||
+ | ######### Parte 1 | ||
+ | |||
+ | codbairro <- list(BT=94, CFP=c(54, | ||
+ | aed <- datachk(host=" | ||
+ | summary(aed$dados) | ||
+ | |||
+ | ######### Parte 2 | ||
+ | dad.cara <- getData(openTable(la," | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ######### | ||
+ | ## RCS RAP RCM == 0 | ||
+ | ## QRT ESC IGR Outros == 1 | ||
+ | ## SI == NA | ||
+ | dad.cara$TIPO_IMOVEL[dad.cara$TIPO_IMOVEL %in% c(" | ||
+ | dad.cara$TIPO_IMOVEL[dad.cara$TIPO_IMOVEL %in% c(" | ||
+ | dad.cara$TIPO_IMOVEL[dad.cara$TIPO_IMOVEL == " | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ############ | ||
+ | ## Sim == 0 | ||
+ | ## Não == 1 | ||
+ | ## SI == NA | ||
+ | dad.cara$QUINTAL[dad.cara$QUINTAL == " | ||
+ | dad.cara$QUINTAL[dad.cara$QUINTAL == " | ||
+ | dad.cara$QUINTAL[dad.cara$QUINTAL == " | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ######### | ||
+ | ## Sim == 0 | ||
+ | ## Não == 1 | ||
+ | ## NA SI == NA | ||
+ | dad.cara$SOMBRA[dad.cara$SOMBRA == " | ||
+ | dad.cara$SOMBRA[dad.cara$SOMBRA == " | ||
+ | dad.cara$SOMBRA[!dad.cara$SOMBRA %in% 0:1] <- NA | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ######## | ||
+ | dad.cara$AGUA_REDE[dad.cara$AGUA_REDE == " | ||
+ | dad.cara$AGUA_REDE[dad.cara$AGUA_REDE == " | ||
+ | dad.cara$AGUA_REDE[dad.cara$AGUA_REDE == " | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ####### | ||
+ | ## Diaria D == 0 | ||
+ | ## Dois em dois dias DD ou mais == 1 | ||
+ | ## NA e SI == NA | ||
+ | dad.cara$FREQ_ABASTECIMENTO[!dad.cara$FREQ_ABASTECIMENTO %in% c(" | ||
+ | dad.cara$FREQ_ABASTECIMENTO[dad.cara$FREQ_ABASTECIMENTO == " | ||
+ | dad.cara$FREQ_ABASTECIMENTO[dad.cara$FREQ_ABASTECIMENTO == " | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ########### | ||
+ | dad.cara$CANALIZADA_COMODO[dad.cara$CANALIZADA_COMODO == " | ||
+ | dad.cara$CANALIZADA_COMODO[dad.cara$CANALIZADA_COMODO == " | ||
+ | dad.cara$CANALIZADA_COMODO[dad.cara$CANALIZADA_COMODO == " | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ######### FREQUENCIA DA COLETA DE LIXO ############# | ||
+ | dad.cara$FREQUENCIA_COLETA[dad.cara$FREQUENCIA_COLETA == " | ||
+ | dad.cara$FREQUENCIA_COLETA[dad.cara$FREQUENCIA_COLETA %in% c(" | ||
+ | dad.cara$FREQUENCIA_COLETA[dad.cara$FREQUENCIA_COLETA %in% c(" | ||
+ | dad.cara$FREQUENCIA_COLETA[dad.cara$FREQUENCIA_COLETA== " | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | |||
+ | ######## | ||
+ | names(dad.cara[, | ||
+ | sapply(dad.cara[, | ||
+ | |||
+ | dad.cara$res.grd.sem <- apply(dad.cara[, | ||
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+ | dad.cara$res.peq.sem <- apply(dad.cara[, | ||
+ | dad.cara$res.peq.com <- apply(dad.cara[, | ||
+ | |||
+ | #### Recipiente grande sem tampa | ||
+ | dad.cara$res.grd.sem[dad.cara$res.grd.sem >= 1] <- 1 | ||
+ | dad.cara$res.grd.com[dad.cara$res.grd.com >= 1] <- 1 | ||
+ | dad.cara$res.peq.sem[dad.cara$res.peq.sem >= 1] <- 1 | ||
+ | dad.cara$res.peq.com[dad.cara$res.peq.com >= 1] <- 1 | ||
+ | |||
+ | |||
+ | summary(dad.cara) | ||
+ | |||
+ | ## Reservatorios pqnos, somando td que for sim | ||
+ | vars <- c(" | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | sapply(dad.cara[vars], | ||
+ | |||
+ | # Substituindo os Níveis | ||
+ | test <- as.data.frame(sapply(dad.cara[vars], | ||
+ | sapply(names(test), | ||
+ | test <- sapply(test, | ||
+ | |||
+ | ## Criando A Variavel com reservatorios pqnos | ||
+ | res.pq <- rowSums(test, | ||
+ | res.pq[res.pq >= 1] <- 1 | ||
+ | dados < | ||
+ | QUINTAL=factor(QUINTAL), | ||
+ | res.pq=factor(res.pq), | ||
+ | FREQ_ABASTECIMENTO=factor(FREQ_ABASTECIMENTO), | ||
+ | CANALIZADA_COMODO=factor(CANALIZADA_COMODO), | ||
+ | res.grd.sem=factor(res.grd.sem), | ||
+ | res.peq.sem=factor(res.peq.sem), | ||
+ | FREQUENCIA_COLETA=factor(FREQUENCIA_COLETA))) | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | covaria <- merge(dados, | ||
+ | |||
+ | ################## | ||
+ | ## Metereologicas | ||
+ | ## | ||
+ | |||
+ | fonte <- getData(openTable(openLayer(db, | ||
+ | obs <- getData(openTable(openLayer(db, | ||
+ | clima <- merge(fonte, | ||
+ | |||
+ | head(aed$dados) | ||
+ | head(covaria) | ||
+ | head(fonte) | ||
+ | head(obs) | ||
+ | |||
+ | ## Excluindo o ano de 2004 por falta de obs. meteorologicas | ||
+ | covaria <- covaria[format(covaria$DATA_COLETA, | ||
+ | covaria <- covaria[order(covaria$DATA_COLETA), | ||
+ | |||
+ | summary(covaria) | ||
+ | |||
+ | # Transformando pra DATA | ||
+ | clima$DATA_OBS <- as.Date(clima$DATA_OBS) | ||
+ | clima <- clima[order(clima$DATA_OBS), | ||
+ | |||
+ | newobs <- clima[!duplicated(clima$DATA_OBS), | ||
+ | |||
+ | names(clima) | ||
+ | |||
+ | teste <- merge(clima, | ||
+ | |||
+ | dados.split <- lapply(split(teste, | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ## Datas 27 periodos anteriores | ||
+ | dados.Datas <- lapply(dados.split, | ||
+ | function(elem) | ||
+ | | ||
+ | function(dat) # Datas de dados.split | ||
+ | merge(data.frame(DATA_COLETA = unique(dat$DATA_OBS) - 1:83, | ||
+ | | ||
+ | by.x = c(" | ||
+ | by.y = c(" | ||
+ | |||
+ | out <- lapply(dados.Datas, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | function(datas) | ||
+ | lapply(c(" | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | |||
+ | out1 <- lapply(out, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | function(datas) | ||
+ | matrix(t(sapply(datas, | ||
+ | |||
+ | teste.ok <- do.call(rbind, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | function(datas) | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | ))), | ||
+ | function(bairros)do.call(rbind, | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ## Ordenando a ' | ||
+ | names(teste.ok)[25: | ||
+ | teste.ok <- teste.ok[, | ||
+ | |||
+ | # Adicionando as Coordenadas | ||
+ | dados <- merge(teste.ok, | ||
+ | | ||
+ | by.x = " | ||
+ | names(dados) | ||
+ | dados <- dados[, | ||
+ | |||
+ | ##Tirando as ' | ||
+ | cols <- grep(" | ||
+ | | ||
+ | precip <- split(seq(1, | ||
+ | |||
+ | |||
+ | dados <- data.frame(dados, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | ))) | ||
+ | |||
+ | names(dados)[(ncol(dados)-11): | ||
+ | |||
+ | umid <- split(seq(2, | ||
+ | dados<- cbind(dados, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | )) | ||
+ | names(dados)[(ncol(dados)-11): | ||
+ | |||
+ | minimo <- split(seq(3, | ||
+ | dados<- cbind(dados, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | )) | ||
+ | names(dados)[(ncol(dados)-11): | ||
+ | |||
+ | maximo <- split(seq(4, | ||
+ | dados <- cbind(dados, | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | )) | ||
+ | names(dados)[(ncol(dados)-11): | ||
+ | |||
+ | dados1 <- dados[, | ||
+ | c(" | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | paste(" | ||
+ | paste(" | ||
+ | paste(" | ||
+ | paste(" | ||
+ | " | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ######## Arrumando os NA's provisoriamente ############# | ||
+ | # | ||
+ | summary(dados1$TIPO_IMOVEL) | ||
+ | |||
+ | ## Assumindo que os NA's são Imóveis Residênciais == 0 | ||
+ | dados1$TIPO_IMOVEL[is.na(dados1$TIPO_IMOVEL)] <- 0 | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | summary(dados1$QUINTAL) | ||
+ | |||
+ | ## Assumindo que os NA's tem QUINTAl | ||
+ | dados1$QUINTAL[is.na(dados1$QUINTAL)] <- 0 | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # | ||
+ | summary(dados1$SOMBRA) | ||
+ | |||
+ | ## Estamos desconsiderando a Sombra devido ao alto número de NA's | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # | ||
+ | summary(dados1$AGUA_REDE) | ||
+ | |||
+ | ## Assumindo que os NA's pertencem a classe 1 | ||
+ | dados1$AGUA_REDE[is.na(dados1$AGUA_REDE)] <- 1 | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # | ||
+ | summary(dados1$FREQ_ABASTECIMENTO) | ||
+ | |||
+ | ## Assumindo que NA's pertencem à classe 0 | ||
+ | dados1$FREQ_ABASTECIMENTO[is.na(dados1$FREQ_ABASTECIMENTO)] <- 0 | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | summary(dados1$CANALIZADA_COMODO) | ||
+ | |||
+ | ## Assumindo que NA's pertencem à classe 1 | ||
+ | dados1$CANALIZADA_COMODO[is.na(dados1$CANALIZADA_COMODO)] <- 1 | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # | ||
+ | sapply(grep(" | ||
+ | | ||
+ | mean(unique(dados1[[x]])[which(is.na(unique(dados1[[x]]))) - 1:2])) | ||
+ | |||
+ | sink(" | ||
+ | cat(" | ||
+ | dput(dados1) | ||
+ | sink() | ||
+ | |||
+ | |||
+ | </ | ||
+ | ++++ | ||
+ | |||
+ | ==== Verificando a relação entre as covariáves ==== | ||
+ | |||
Carregando os dados: | Carregando os dados: | ||
Linha 6: | Linha 327: | ||
</ | </ | ||
- | * Matrix de Correlações para Precipitacao: | + | * ++ Matrix de Correlações para Precipitacao: |
<code R> | <code R> | ||
cor(dados[grep(" | cor(dados[grep(" | ||
+ | </ | ||
+ | < | ||
| | ||
PRECIPM.1 | PRECIPM.1 | ||
Linha 24: | Linha 347: | ||
</ | </ | ||
+ | * Gráfico de Dispersão para Precipitação x Ovos | ||
+ | {{ http:// | ||
+ | ++ | ||
+ | * Matrix de Correlações para Umidade: | ||
+ | <code R> | ||
+ | cor(dados[grep(" | ||
+ | </ | ||
+ | < | ||
+ | | ||
+ | UMIDM.1 | ||
+ | UMIDM.2 | ||
+ | UMIDM.3 | ||
+ | UMIDM.4 | ||
+ | UMIDM.5 | ||
+ | UMIDM.6 | ||
+ | UMIDM.7 | ||
+ | UMIDM.8 | ||
+ | UMIDM.9 | ||
+ | UMIDM.10 0.2641260 0.3689211 0.4484363 0.5225217 0.5603879 0.6247809 0.6813222 0.7640257 0.8336239 1.0000000 0.8360349 0.7685041 | ||
+ | UMIDM.11 0.1996885 0.2761524 0.3730241 0.4613921 0.5389428 0.5680300 0.6264243 0.6843983 0.7675529 0.8360349 1.0000000 0.8367102 | ||
+ | UMIDM.12 0.1380407 0.2117798 0.2825577 0.3798243 0.4682084 0.5416232 0.5698501 0.6267866 0.6852552 0.7685041 0.8367102 1.0000000 | ||
+ | </ | ||
+ | * Gráfico para Umidade x Nro Ovos | ||
+ | {{ http:// | ||
+ | * Matrix de Correlações para Temperatura Máxima: | ||
+ | <code R> | ||
+ | cor(dados[grep(" | ||
+ | </ | ||
+ | < | ||
+ | | ||
+ | MAXM.1 | ||
+ | MAXM.2 | ||
+ | MAXM.3 | ||
+ | MAXM.4 | ||
+ | MAXM.5 | ||
+ | MAXM.6 | ||
+ | MAXM.7 | ||
+ | MAXM.8 | ||
+ | MAXM.9 | ||
+ | MAXM.10 0.3681705 0.4660501 0.5489423 0.6140884 0.6708347 0.7425401 0.8069203 0.8366260 0.8902568 1.0000000 0.8824213 0.8265274 | ||
+ | MAXM.11 0.2635478 0.3594969 0.4627403 0.5352284 0.6054653 0.6591127 0.7236006 0.7999288 0.8292661 0.8824213 1.0000000 0.8764060 | ||
+ | MAXM.12 0.1855049 0.2606314 0.3616994 0.4542338 0.5355502 0.6028441 0.6533578 0.7184289 0.7985820 0.8265274 0.8764060 1.0000000 | ||
+ | </ | ||
- | Teste: | + | * Gráfico para Temp. Min x Nro Ovos |
+ | {{ http:// | ||
+ | |||
+ | * Matrix de Correlações para Temperatura Mínima: | ||
+ | <code R> | ||
+ | cor(dados[grep(" | ||
+ | </ | ||
< | < | ||
- | <php> | + | |
- | $prog = "R CMD BATCH"; | + | MINM.1 |
- | $file = "echo ' | + | MINM.2 0.5639588 1.0000000 0.5716516 0.5956094 0.4809486 0.4282781 0.3581243 0.4359187 0.3149229 0.3388118 0.2518581 0.2510395 |
- | system($file, | + | MINM.3 |
- | system(" | + | MINM.4 0.4695411 0.5956094 0.5654837 1.0000000 0.5665017 0.5951586 0.4772186 0.4186574 0.3520369 0.4453062 0.3120105 0.3237843 |
- | $command = $prog . " /tmp/teste.txt"; | + | MINM.5 0.4268584 0.4809486 0.5830780 0.5665017 1.0000000 0.5682591 0.5964380 0.4782897 0.4197755 0.3504371 0.4462733 0.3087303 |
- | $las = system(" | + | MINM.6 |
- | echo system(' | + | MINM.7 0.4377892 0.3581243 0.4267707 0.4772186 0.5964380 0.5630490 1.0000000 0.5582295 0.5944933 0.4809717 0.4288738 0.3371805 |
- | </ | + | MINM.8 |
+ | MINM.9 | ||
+ | MINM.10 0.2429912 0.3388118 0.3042275 0.4453062 0.3504371 0.4245169 0.4809717 0.5943529 0.5603466 1.0000000 0.5500534 0.5539326 | ||
+ | MINM.11 0.2596566 0.2518581 0.3215935 0.3120105 0.4462733 0.3456020 0.4288738 0.4713062 0.5704061 0.5500534 1.0000000 0.5521400 | ||
+ | MINM.12 0.1516181 0.2510395 0.2361750 0.3237843 0.3087303 0.4373899 0.3371805 0.4097950 0.4600298 0.5539326 0.5521400 1.0000000 | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | * Gráfico para Temp. Min x Nro Ovos | ||
+ | {{ http:// | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====== Análises Realisadas ======= | ||
+ | |||
+ | * ++ Binomial Negativa Inflacionada de Zeros | | ||
+ | Não siginificativa++ |