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 === Descrição === === Descrição ===
  
-Disciplina: Tópicos Especiais - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\+Disciplina: Tópicos Especiais (AF 722) - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\ 
 +Professor Coordenador: PhD. Louise Larissa May De Mio \\
 Professor Coordenador: PhD. [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\ Professor Coordenador: PhD. [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\
 Professor Colaborador: MSc. [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\ Professor Colaborador: MSc. [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\
-Nº de Créditos: 2 \\+Nº de Créditos: 4 \\
 Carga horária: 60h \\ Carga horária: 60h \\
 Período Letivo: 2º semestre de 2012 \\ Período Letivo: 2º semestre de 2012 \\
Linha 120: Linha 121:
 === Material usado no curso === === Material usado no curso ===
  
-(Editar)+Diretório com arquivos de dados e scripts do curso: {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/}}
  
 === Cronograma de atividades do Curso === === Cronograma de atividades do Curso ===
Linha 127: Linha 128:
   * Tarde (T): 13:30-15:00, 15:20-14:30;   * Tarde (T): 13:30-15:00, 15:20-14:30;
  
-^  Data  ^  Atividade  ^  Extra  ^ +^  Data  ^  Atividade  ^  Script  ^ 
-| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. Instalação do R. Primeiros passos e importação de dados | | +| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. Introdução ao R, download, instação, primeiros passos. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula1.R]] | 
-| aula 02, 10/09 (M) seg | | |  +| aula 02, 10/09 (M) seg | Importação de dados no formato texto. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula2.R]] |  
-| aula 03, 13/09 (M) qui | | | +| aula 03, 13/09 (M) qui | Importação e visualização de dados. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula3.R]] | 
-| aula 04, 14/09 (M) sex | | | +| aula 04, 14/09 (M) sex | Aplicando filtros, selecionando subconjuntos e gráficos da lattice. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula4.R]] | 
-| aula 05, 14/09 (T) sex | Exposição dos problemas de planejamento experimental. | | +| aula 05, 22/10 (M) seg | Simulando dados, regressão polinomial e não linear. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula5.R]] | 
-| aula 06, 22/10 (M) seg | | | +| aula 06, 25/10 (M) qui | Análise de experimento com alternativas para satisfazer os pressupostos. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula6.R]] | 
-| aula 07, 25/10 (M) qui | | | +| aula 07, 26/10 (M) sex | Análise de experimento, ajuste de polinômio e modelos segmentados. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula7.R]] | 
-| aula 08, 26/10 (M) sex | | | +| aula 08, 01/11 (M) qui | Programado: aula teórica análise contagem e proporção. | | 
-| aula 09, 01/11 (M) qua | | | +| aula 09, 01/11 (T) qui | Programado: exposição dos casos experimentais. | | 
-| aula 10, 14/11 (M) qua | | | +| aula 10, 28/11 (M) qua | Programado: (08:00-12:00) exposição das análises dos dados. | | 
-| aula 11, 14/11 (M) qua | | | + 
-| aula 12, 19/11 (M) seg | Defesa do planejamento experimental. | | +=== Vídeos === 
-| aula 13, 19/11 (T) seg | Defesa do planejamento experimental. | |+ 
 +  * {{http://www.youtube.com/watch?v=ExVhaN36jBs|Least Squares Regression Line Notes}}; 
 +  * {{http://www.youtube.com/watch?v=0cUFTQs-PUo&feature=related|Least Squares Regression}}; 
 +  * {{http://www.youtube.com/watch?v=MIqyiGvrUXE&feature=related|Introductory Statistics - Chapter 10: Regression}}; 
 +  * {{http://www.r-tutor.com/elementary-statistics/hypothesis-testing|Hypotesis test with R}}; 
 + 
 +=== Código === 
 + 
 +<code> 
 +#------------------------------------------------------------------------------------------ 
 + 
 +vol <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/volume.txt", 
 +                  header=TRUE, sep="\t") 
 +str(vol) 
 +vol$dos <- factor(vol$dose) 
 + 
 +xyplot(volu~dose|gen, data=vol) 
 + 
 +m0 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol) 
 +anova(m0) 
 + 
 +par(mfrow=c(2,2)); plot(m0); layout(1) 
 + 
 +boxcox(m0) 
 + 
 +m1 <- aov((volu^(1/3))~gen+dos+gen:dos, data=vol) 
 +par(mfrow=c(2,2)); plot(m1); layout(1) 
 +anova(m1) 
 + 
 +with(vol, fat2.crd(gen, dos, volu^(1/3), mcomp=c("sk","tukey"))) 
 + 
 +#------------------------------------------------------------------------------------------ 
 + 
 +plot(residuals(m0)~vol$dos) 
 +plot(residuals(m0)~vol$dose) 
 + 
 +qqmath(~residuals(m0)|vol$dose) 
 + 
 +pesos <- tapply(residuals(m0), vol$dose, var) 
 +vol$pesos <- rep(pesos, each=27) 
 + 
 +m2 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol, weights=1/vol$pesos) 
 +par(mfrow=c(2,2)); plot(m2); layout(1) 
 +anova(m2) 
 + 
 +require(doBy) 
 + 
 +popMeans(m2, effect="gen") 
 +popMeans(m2, effect="dos") 
 +popMeans(m2, effect=c("gen", "dos")) 
 + 
 +require(agricolae) 
 +glr <- df.residual(m2) 
 +s2 <- deviance(m2)/df.residual(m2) 
 + 
 +with(subset(vol, dose=="0"), 
 +     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[1]*s2)) 
 + 
 +with(subset(vol, dose=="5"), 
 +     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[2]*s2)) 
 + 
 +with(subset(vol, dose=="25"), 
 +     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[3]*s2)) 
 + 
 +#------------------------------------------------------------------------------------------ 
 +# dose em cada genótipo 
 + 
 +X <- popMatrix(m2, effect=c("gen", "dos")) 
 +contr <- expand.grid(gen=levels(vol$gen), dos=levels(vol$dos)) 
 +which(contr$gen=="ATF06B") 
 + 
 +contr.x <- rbind("0vs5"=X[1,]-X[10,], 
 +                 "0vs25"=X[1,]-X[19,], 
 +                 "5vs25"=X[10,]-X[19,]) 
 +contr.x%*%coef(m2) # estimativas dos contrastes 
 +contr.x%*%vcov(m2)%*%t(contr.x) 
 + 
 +summary(glht(m2, linfct=contr.x)) 
 + 
 +#------------------------------------------------------------------------------------------ 
 +# fizemos isso para um único nível de gen, o código abaixo faz para todos 
 + 
 +lM <- lapply(levels(vol$gen), 
 +             function(g){ 
 +               X[contr$gen==g,] 
 +             }) 
 +lM 
 + 
 +com <- combn(3, 2) 
 + 
 +compr <- lapply(lM, 
 +                function(i){ 
 +                  m <- t(apply(com, 2, function(j) i[j[1],]-i[j[2],])) 
 +                }) 
 +names(compr) <- levels(vol$gen) 
 +compr 
 + 
 +lapply(compr, function(g) summary(glht(m2, linfct=g))) 
 + 
 +#------------------------------------------------------------------------------------------ 
 +# colocando os resultados em um gráfico com IC 
 + 
 +IC <- lapply(compr, function(g) confint(glht(m2, linfct=g))) 
 +IC <- lapply(IC, "[[", "confint") #IC[[1]]$confint 
 +IC <- do.call(rbind, IC) 
 +nm <- apply(com, 2, function(i) paste(levels(vol$dos)[i[1]], levels(vol$dos)[i[2]], sep="vs")) 
 + 
 +IC <- cbind(expand.grid(compr=nm, gen=levels(vol$gen)), IC) 
 +str(IC) 
 + 
 +require(latticeExtra) 
 + 
 +segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC) 
 + 
 +segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9), 
 +        strip.left=TRUE, strip=FALSE, 
 +        draw.bands=FALSE, centers=Estimate, 
 +        segments.fun=panel.arrows, ends="both", 
 +        angle=90, length=1, unit="mm") 
 + 
 +segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9), 
 +        strip.left=TRUE, strip=FALSE, 
 +        draw.bands=FALSE, centers=Estimate, 
 +        segments.fun=panel.arrows, ends="both", 
 +        angle=90, length=1, unit="mm", 
 +        panel=function(...){ 
 +          panel.segplot(...) 
 +          panel.abline(v=0, col=2) 
 +        }) 
 + 
 +#------------------------------------------------------------------------------------------ 
 + 
 +</code>

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