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pessoais:jcfaria [2012/08/01 09:11] – [section 5] jcfariapessoais:jcfaria [2012/08/01 19:25] (atual) – jcfaria
Linha 9: Linha 9:
 **1. Quem sou** **1. Quem sou**
  
-- Engenheiro Agrônomo; +- Engenheiro Agrônomo 
- +- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG 
-- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG.+- Pós-doc em estatística e experimentação agronômica (ESALQ)
  
  
Linha 18: Linha 18:
 - Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA; - Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
  
-- Coordenador e desenvolvedor do projeto Tinn-R (GUI/editor para o ambiente R).+- Tenho estado desenvolvendo algumas soluções computacionais voltadas para o ambiente R: 
 +  - Editores: 
 +    - Tinn-R ([[http://sourceforge.net/projects/tinn-r/]]) 
 +    - Vim-R-plugin ([[http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2628]]) 
 +  - Pacotes: 
 +    - bpca ([[http://cran.r-project.org/web/packages/bpca/index.html]]) 
 +    - TinnR ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TinnR/index.html]]) 
 +    - fdth ([[http://cran.r-project.org/web/packages/fdth/index.html]]) 
 +    - ScottKnott ([[http://cran.r-project.org/web/packages/ScottKnott/index.html]]) 
 +    - TukeyC ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TukeyC/index.html]])
  
  
 **3. Sobre o R** **3. Sobre o R**
  
-- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional.+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional!
  
  
Linha 29: Linha 38:
  
 - Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R; - Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
- 
-- Aprimorar o Tinn-R e disponibilizá-lo também para a plataforma Linux; 
  
 - Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas. - Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
Linha 591: Linha 598:
 </code> </code>
  
-=== Tabelas e histogramas === +==== Funções úteis ====
-== Função tb.table == +
- +
-Função simples, flexível mas poderosa para descrever, via tabela de distribuição de freqüências e histogramas, vetores e data.frames. +
- +
-<code> +
-#=============================================================================== +
-# Name           : tb.table +
-# Original author: José Cláudio Faria, Gabor Gothendievisk and Enio Jelihovschi +
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02 +
-# Version        : v24 +
-# Aim            : To make tables of frequency distribution and associated +
-#                  histogram +
-#=============================================================================== +
-# Arguments: +
-# breaks         : Method to determine number of classes= c('Sturges', 'Scott', 'FD') +
-# by             : Variable to group +
-# end            : Last class (high value) +
-# h              : Classes extent +
-# k              : Class number +
-# right          : Intervals right open (default = FALSE) +
-# start          : First class (small value) +
-# x              : A R object (vector or data.frame) +
-# histogram      : Plot histogram (default = TRUE) +
-# title.histogram: Title of histogram c('auto', 'none') +
-#=============================================================================== +
- +
-# Common functions +
-tb.make.table.I <- function(x, +
-                            start, +
-                            end, +
-                            h, +
-                            right, +
-                            histogram, +
-                            titleH) +
-{ +
-  f    <- table(cut(x, br=seq(start, end, h), right=right)) # Absolut freq +
-  fr   <- f/length(x)                                       # Relative freq +
-  frP  <- 100*(f/length(x))                                 # Relative freq, % +
-  fac  <- cumsum(f)                                         # Cumulative freq +
-  facP <- 100*(cumsum(f/length(x)))                         # Cumulative freq, % +
-  fi   <- round(f, 2) +
-  fr   <- round(as.numeric(fr), 2) +
-  frP  <- round(as.numeric(frP), 2) +
-  fac  <- round(as.numeric(fac), 2) +
-  facP <- round(as.numeric(facP),2) +
-  res  <- data.frame(fi, fr, frP, fac, facP)                # Make final table +
-  names(res) <- c('Class limits', 'fi', 'fr', 'fr(%)', 'fac', 'fac(%)') +
- +
-  # Making the histogram: With Benilton suggestions +
-  if (histogram) { +
-    hist(x, +
-         breaks = seq(start, end, h), +
-         freq   = T, +
-         right  = right, +
-         xlab   = 'Class limits', ylab='Frequency', +
-         col    = 'LightYellow', +
-         main   = titleH, +
-         xlim   = c(start, end), ylim=c(0, max(fi)), +
-         las    = 1, +
-         xaxt   = 'n') +
-    axis(1, at=round(seq(start, end, h), 2)) +
-  } +
-  return(res) +
-} +
- +
-tb.make.table.II <- function (x, +
-                              k, +
-                              breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'), +
-                              right=FALSE, +
-                              histogram, +
-                              titleH) +
-{ +
-  x <- na.omit(x) +
- +
-  # User defines only x and/or 'breaks' +
-  # (x, {k,}[breaks, right]) +
-  if (missing(k)) { +
-    brk   <- match.arg(breaks) +
-    switch(brk, +
-           Sturges = k <- nclass.Sturges(x), +
-           Scott   = k <- nclass.scott(x), +
-           FD      = k <- nclass.FD(x)) +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/k +
-  } +
- +
-  # User defines 'x' and 'k' +
-  # (x, k,[breaks, right]) +
-  else { +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/abs(k) +
-  } +
-  tbl     <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH) +
-  return(tbl) +
-} +
- +
-# With Gabor Grotendieck suggestions (thanks Gabor, very much!) +
-tb.table <- function(x, ...) UseMethod("tb.table") +
- +
-# Table form vectors +
-tb.table.default <- function(x, +
-                             k, +
-                             start, +
-                             end, +
-                             h, +
-                             breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'), +
-                             right=FALSE, +
-                             histogram=TRUE, +
-                             title.histogram=c('auto', 'none')) +
-{ +
-  # User defines nothing or not 'x' isn't numeric -> stop +
-  stopifnot(is.numeric(x)) +
-  x <- na.omit(x) +
- +
-  # User defines only 'x' +
-  # (x, {k, start, end, h}, [breaks, right]) +
-  if (missing(k) && missing(start) && missing(end) && missing(h) ) { +
-    brk   <- match.arg(breaks) +
-    switch(brk, +
-           Sturges = k <- nclass.Sturges(x), +
-           Scott   = k <- nclass.scott(x), +
-           FD      = k <- nclass.FD(x)) +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/k +
-  } +
- +
-  # User defines 'x' and 'k' +
-  # (x, k, {start, end, h}, [breaks, right]) +
-  else if (missing(start) && missing(end) && missing(h)) { +
-    stopifnot(length(k) >= 1) +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/abs(k) +
-  } +
- +
-  # User defines 'x', 'start' and 'end' +
-  # (x, {k,} start, end, {h,} [breaks, right]) +
-  else if (missing(k) && missing(h)) { +
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >=1) +
-    tmp <- range(x) +
-    R   <- end-start +
-    k   <- sqrt(abs(R)) +
-    if (k < 5)  k <- 5 # min value of k +
-    h   <- R/k +
-  } +
- +
-  # User defines 'x', 'start', 'end' and 'h' +
-  # (x, {k,} start, end, h, [breaks, right]) +
-  else if (missing(k)) { +
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >= 1, length(h) >= 1) +
-  } +
- +
-  else stop('Please, see the function sintax!') +
- +
-  if (histogram) { +
-    x11() +
-    par(mfrow=c(1, 1)) +
-    title.histogram <- match.arg(title.histogram) +
-    switch(title.histogram, +
-           auto = titleH <- 'x', +
-           none = titleH <- '') +
-  } +
-  tbl <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH) +
-  return(tbl) +
-} +
- +
-# Table form data.frames +
-tb.table.data.frame <- function(df, +
-                                k, +
-                                by, +
-                                breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'), +
-                                right=FALSE, +
-                                histogram=TRUE, +
-                                title.histogram=c('auto', 'none')) +
-{ +
-  stopifnot(is.data.frame(df)) +
-  tmpList <- list() +
-  nameF   <- character() +
-  nameY   <- character() +
- +
-  # User didn't defines a factor +
-  if (missing(by)) { +
-    logCol <-  sapply(df, is.numeric) +
-    nHist  <- length(logCol[logCol]) +
-    if (histogram) { +
-      count = 0 +
-      if (nHist > 1) { +
-        x11() +
-        par(mfrow=c(4, 1)) +
-      } +
-    } +
-    for (i in 1:ncol(df)) { +
-      if (logCol[i]) { +
-        count  <- (count + 1) +
-        if (count == 5) { +
-          x11() +
-          par(mfrow=c(4, 1)) +
-          count <- 1 +
-        } +
-        title.histogram <- match.arg(title.histogram) +
-        switch(title.histogram, +
-               auto = titleH <- names(logCol[i]), +
-               none = titleH <- '') +
-        x       <- as.matrix(df[ ,i]) +
-        tbl     <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH) +
-        tmpList <- c(tmpList, list(tbl)) +
-      } +
-    } +
-    valCol <- logCol[logCol] +
-    names(tmpList) <- names(valCol) +
-    return(tmpList) +
-  } +
- +
-  # User defines one factor +
-  else { +
-    namesdf   <- names(df) +
-    pos       <- which(namesdf == by) +
-    stopifnot(is.factor((df[[pos]]))) +
-    nF        <- table(df[[pos]]) +
-    logCol    <- sapply(df, is.numeric) +
-    nHist     <- length(logCol[logCol]) +
-    nDisGraph <- round((length(nF) * nHist) / 12)  # 12 is the maximum easily visible +
-    if (histogram) { +
-      count <- 0 +
-      x11() +
-      par(mfrow=c(4, 3)) +
-    } +
-    for(i in 1:length(nF)) { +
-      tmpdf  <- subset(df, df[[pos]] == names(nF[i])) +
-      logCol <- sapply(tmpdf, is.numeric) +
-      for (j in 1:ncol(tmpdf)) { +
-        if (logCol[j]) { +
-          count  <- (count + 1) +
-          if (count == 13) { +
-            x11() +
-            par(mfrow=c(4, 3)) +
-            count <- 1 +
-          } +
-          nameF  <- names(nF[i]) +
-          nameY  <- names(logCol[j]) +
-          nameFY <- paste(nameF,'.', nameY, sep="") +
-          title.histogram <- match.arg(title.histogram) +
-          switch(title.histogram, +
-                 auto = titleH <- nameFY, +
-                 none = titleH <- '') +
-          x            <- as.matrix(tmpdf[ ,j]) +
-          tbl          <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH) +
-          newFY        <- list(tbl) +
-          names(newFY) <- sub(' +$', '', nameFY) +
-          tmpList      <- c(tmpList, newFY) +
-        } +
-      } +
-    } +
-  } +
-  return(tmpList) +
-} +
-</code> +
- +
-== Testar função tb.table == +
-O script abaixo possibilita testar e aprender a usar a função tb.table. +
- +
-<code> +
-#=============================================================================== +
-# Name           : tb.table_test +
-# Original author: Jose Cláudio Faria +
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02 +
-# Version        : v24 +
-# Aim            : To learn how to use the function tb.table +
-#=============================================================================== +
-# Observation    : Test it line by line +
-#=============================================================================== +
-# 1.Tables +
-# 1.1. Tables from vectors +
-#=============================================================================== +
- +
-## To debug +
-# mtrace.off() +
-# mtrace(tb.make.table.I) +
-# mtrace(tb.make.table.II) +
-# mtrace(tb.table.default) +
-# mtrace(tb.table.data.frame) +
- +
-# Make a vector +
-set.seed(1) +
-x=rnorm(150, 5, 1) +
- +
-tb.table(x, his=F) +
-tb.table(x) +
-tb.table(x, title.his='none') +
-tb.table(x, k=10, his=T) +
- +
-#Title +
-tb.table(x, title.his='teste') #error! +
-tb.table(x, title.his='none') +
-tb.table(x, title.his='auto') +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, breaks='Sturges') +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, breaks='St') +
- +
-tb.table(x, breaks='Scott') +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, b='Sc') +
- +
-tb.table(x, breaks='FD') +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, breaks='F') +
- +
-tb.table(x, breaks='F', right=T) +
- +
-# Will make a error! +
-tb.table(x, breaks='S') #('S'turges) and ('S'cott) +
- +
-tb.table(x, k=4) +
- +
-tb.table(x, k=20) +
- +
-# Partial +
-tb.table(x, start=4, end=6) # Will make error! +
-tb.table(x, start=4, end=6, his=F) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, s=4, e=6, his=F) +
- +
-# Partial +
-tb.table(x, start=4.5, end=5.5, his=F) +
- +
-# Partial +
-tb.table(x, start=5, end=6, h=.5, his=F) +
- +
-# Nonsense +
-tb.table(x, start=0, end=10, h=.5) +
- +
-# First and last class forced (fi=0) +
-tb.table(x, start=1, end=9, h=1) +
- +
-tb.table(x, start=1, end=10, h=2) +
- +
- +
-#=============================================================================== +
-# 1.2. Tables from data.frames +
-#=============================================================================== +
-# Make a data.frame +
-mdf=data.frame(X1 =rep(LETTERS[1:4], 25), +
-               X2 =as.factor(rep(1:10, 10)), +
-               Y1 =c(NA, NA, rnorm(96, 10, 1), NA, NA), +
-               Y2 =rnorm(100, 60, 4), +
-               Y3 =rnorm(100, 50, 4), +
-               Y4 =rnorm(100, 40, 4)) +
- +
-tb.table(mdf) +
- +
-tb.table(mdf, title.his='none') +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(mdf, breaks='Sturges') +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(mdf, breaks='St') +
- +
-tb.table(mdf, breaks='Scott') +
- +
-tb.table(mdf, breaks='FD') +
- +
-tb.table(mdf, k=4) +
- +
-tb.table(mdf, k=10) +
- +
-levels(mdf$X1) +
-tbl = tb.table(mdf, k=5, by='X1') +
-length(tbl) +
-names(tbl) +
-tbl +
- +
-tb.table(mdf, breaks='FD', by='X1') +
- +
-# A 'big' result: X2 is a factor with 10 levels! +
-tb.table(mdf, breaks='FD', by='X2') +
- +
-tb.table(mdf, breaks='FD', k=5, by='X2') +
- +
-tb.table(iris, k=5) +
- +
-tb.table(iris, k=10) +
- +
-levels(iris$Species) +
-tbl=tb.table(iris, k=5, by='Species') +
-length(tbl) +
-names(tbl) +
-tbl +
- +
-tb.table(iris, k=5, by='Species', right=T) +
- +
-tb.table(iris, breaks='FD', by='Species') +
- +
-library(MASS) +
-levels(Cars93$Origin) +
-tbl=tb.table(Cars93, k=5, by='Origin') +
-names(tbl) +
-tbl +
- +
-tb.table(Cars93, breaks='FD', by='Origin') +
-</code> +
 === Superfície de resposta === === Superfície de resposta ===
 == Função plotlm3d == == Função plotlm3d ==
Linha 1208: Linha 796:
 </code> </code>
  
-== Testar função plotlm3d ==+== Usando a função plotlm3d ==
 <code> <code>
 #=============================================================================== #===============================================================================
 # Name           : Script to test plotlm3d # Name           : Script to test plotlm3d
 # Author         : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch # Author         : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
-# Date (dd/mm/yy): 23/7/06 07:21:23 +# Date (dd/mm/yy): 2012/07/01 
-# Version        : v17+# Version        : v18
 # Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package # Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
 #=============================================================================== #===============================================================================
Linha 1228: Linha 816:
                     groups        = Species,                     groups        = Species,
                     xlab          = 'SL',                     xlab          = 'SL',
-                    ylab          = 'PL', +                    ylab          = 'SW', 
-                    zlab          = 'SW',+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))                     sphere.factor = 1))
Linha 1244: Linha 832:
                     box           = T,                     box           = T,
                     xlab          = 'SL',                     xlab          = 'SL',
-                    ylab          = 'PL', +                    ylab          = 'SW', 
-                    zlab          = 'SW',+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))                     sphere.factor = 1))
Linha 1257: Linha 845:
                     surface       = T,                     surface       = T,
                     xlab          = 'SL',                     xlab          = 'SL',
-                    ylab          = 'PL', +                    ylab          = 'SW', 
-                    zlab          = 'SW',+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))                     sphere.factor = 1))
Linha 1274: Linha 862:
                      box            = F,                      box            = F,
                      xlab           = 'SL',                      xlab           = 'SL',
-                     ylab           = 'PL', +                     ylab           = 'SW', 
-                     zlab           = 'SW',+                     zlab           = 'PL',
                      grid           = F,                      grid           = F,
                      sphere.factor  = 1))                      sphere.factor  = 1))

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