==== Artigo Completo da Tese - 05/10/2011 ==== === funções para serem executadas no lcpad/ccad === Paulo, parteScriptArtigoCompleto.r é o script mãe a ser executado. Os arquivos restantes são chamados pelo script mãe.\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:agl.r|agl.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:as.geocomp.r|as.geoComp.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:cokri.mediana.bayes.r|cokri.mediana.bayes.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:cokrigagem.r|cokrigagem.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:infbayes.r|infbayes.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:logarit.vero.r|logarit.vero.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:metro.bayesmbmccad.txt|metro.bayesmbmCCAD.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:monta.v.r|monta.v.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:partescriptartigocompleto.r|parteScriptArtigoCompleto.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:pivo.txt|pivo.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:posteriori.r|posteriori.r}}\\ {{:pessoais:abtmartins:artigocompleto:tab.coord.pol.txt|tab.coord.pol.txt}} === Tese Corrigida - 24/08/2010 === *{{:pessoais:abtmartins:teseanabeatrizcorrigida.pdf|TeseAnaBeatrizCorrigida}} ==== Projeto de Tese ==== *{{:pessoais:abtmartins:projetotese.pdf|Projeto de Tese }} - 17/08/08 *{{:pessoais:abtmartins:defesa.pdf|Slides da defesa do Projeto de Tese}}- 24/09/08 *{{:pessoais:abtmartins:defesa.tex|Slides da defesa do Projeto de Tese}}- 24/09/08 *{{:pessoais:abtmartins:projetotesecorrigido.pdf|Projeto de Tese com Resultados Preliminares corrigido}} Coordenadas x e y corrigidas 07/10/08 === Scripts - R === *{{:pessoais:abtmartins:malhaquadradabox.r|MalhaQuadradaBox.r}} - 24/09/08 *{{:pessoais:abtmartins:malhaquadradaboxcorrigida.r|MalhaQuadradaBoxCorrigida.r}} Coordenadas x e y corrigidas - 05/10/08 === Versão da Tese - 19/03/10 === *{{:pessoais:abtmartins:teseanabeatriz.pdf|TeseAna}} == Cálculo da log-verossimilhança e estimação dos parâmetros do modelo bivariado. Aitchison : Y = mu + Z, sem e com reparametrização == *{{:pessoais:abtmartins:bivaraitsemrep_tau.r|bivarAitSemRep_tau.r}} 10/10/08\\ *{{:pessoais:abtmartins:bivaraitsemrep_tausq.r|bivarAitSemRep_tausq.r}} 10/10/08 *{{:pessoais:abtmartins:bivaraitsemrep_logtaulogitcor.r|bivarAitSemRep_logtaulogitcor.r}} 10/10/08 *{{:pessoais:abtmartins:bivaraitcomrep_logtaulogitcor.r|bivarAitSemRep_logtaulogitcor.r}} 10/10/08 == Dados Reais == Os scripsts estão em Seag 2009. == Simulação == *{{:pessoais:abtmartins:lbfgsb.r|LBFGSB.R}} Função para simular pelo método L-BFGS-B *{{:pessoais:abtmartins:nm.r|NM.R}} Função para simular pelo método Nelder-Mead *{{:pessoais:abtmartins:cg.r|CG}} Função para simular pelo método Gradiente Conjugado *{{:pessoais:abtmartins:bfgs.r|BFGS.R}} Função para simular pelo método BFGS *{{:pessoais:abtmartins:mgec.r|mgec.R}} Funcao para otimizar e calcular as estimativas originais *{{:pessoais:abtmartins:logvero.r|logvero.R}} Funcao que calcula a log-verossimilhança *{{:pessoais:abtmartins:montamatriz.r|montamatriz}} Função que calcula a matriz de covariância para o modelo geoestatístico bivariado composicional *{{:pessoais:abtmartins:simula.r|simula.R}} \, Função que simula observações Y1 e Y2. *{{:pessoais:abtmartins:milsimulacoes.r|milSimulacoes.R}} Função que realiza mais de uma simulação ===== Semana PPGMNE 2009 - Inferência Bayesiana ===== *{{:pessoais:abtmartins:anabeatriz.tex|anabeatriz.tex}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:anabeatriz.pdf|anabeatriz.pdf}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:fotopivo.jpg?200|fotopivo.jpg}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:digterrbras09.pdf|digterrbras09.pdf}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:semanappgmne1_09.eps|semanappgmne1_09.eps}}=./figs/-001\\ *{{:pessoais:abtmartins:semanappgmne1_09.pdf|semanappgmne1_09.pdf}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:semanappgmne2_09.eps|semanappgmne2_09.eps}}=./figs/-002 \\ *{{:pessoais:abtmartins:semanappgmne2_09.pdf|semanappgmne2_09.pdf}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:semanappgmne3_09.eps|semanappgmne3_09.eps}}=./figs/-003 \\ *{{:pessoais:abtmartins:semanappgmne3_09.pdf|semanappgmne3_09.pdf}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:mapaquasimbayes.pdf|mapaquasimbayes.pdf}}\\ ===== Diagnóstico de Convergência - Inferência Bayesiana - Tese 05/11/2009 10:05hs ===== *{{:pessoais:abtmartins:resul.infbayes1.rnw|resul.infbayes1.rnw}}\\ *{{:pessoais:abtmartins:resul.infbayes1.pdf|resul.infbayes1.pdf}}\\ ===== Artigo para Revista Aplicada 2009 ===== Sugestões do Antônio Carlos:\\ *{{:pessoais:abtmartins:revisao.doc|revisao.doc}} Artigo revisado com as sugestões:\\ *{{:pessoais:abtmartins:revapli09_1.pdf|revapli09_1}}\\ ===== Artigo para Revista Brasileira de Biometria 2009 ===== === Arquivos de dados gerados pelo Cluster === {{:pessoais:abtmartins:dad_conf1_k7ns1000.txt|dad_conf1_k7ns1000.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dad_conf2_k7ns1000.txt|dad_conf2_k7ns1000.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dad_conf3_k7ns1000.txt|dad_conf3_k7ns1000.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dt1predgh_k7ns1000.txt|dt1predgh_k7ns1000.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dt2predgh_k7ns1000.txt|dt2predgh_k7ns1000.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dt3predgh_k7ns1000.txt|dt3predgh_k7ns1000.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:points1.txt|points1.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:predgh1_obs.x.pred.txt|predgh1_obs.x.pred.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:predgh2_obs.x.pred.txt|predgh2_obs.x.pred.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:predgh3_obs.x.pred.txt|predgh3_obs.x.pred.txt}}\\ === Arquivos do Artigo === OBS: Antes de executar o .Rnw crie um diretório com o nome: figs. As figuras geradas pelo Rnw serão gravadas ali.\\ * (Ana em 05/10/2009) {{:pessoais:abtmartins:rbb09_1.pdf|rbb09_1.pdf}}{{:pessoais:abtmartins:rbb09_1.rnw|rbb09_1.rnw}}{{:pessoais:abtmartins:rbb09_1.tex|rbb09_1.tex}} * (PJ em 08/10/2009) {{:pessoais:abtmartins:rbb09_2.pdf|rbb09_2.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:rbb09_2.rnw|rbb09_2.rnw}}{{:pessoais:abtmartins:rbb09_2.tex|rbb09_2.tex}} === Arquivos necessários para rodar o Rnw === Estes arquivos devem estar no mesmo diretório que o Rnw\\ {{:pessoais:abtmartins:rme.bib|rme.bib}}\\ {{:pessoais:abtmartins:rme_p.sty|rme_p.sty}} ===== RBRAS e SEAGRO 2009 ===== Resumo de 50 palavras:\\ A multivariate model for spatial compositions is presented and results for inference on model parameters and spatial prediction of the compositions are derived including computational implementation. The methodology is used for the analysis of soil fractions obtaining maps of sand, silt and clay contents along an agricultural experimental area.\\ \\ Artigo Completo em Sweave: atualizado em 15/06/09\\ {{:pessoais:abtmartins:rbras0709.rnw|rbras0709.rnw}}\\ {{:pessoais:abtmartins:rbras0709.pdf|rbras0709.pdf}}\\ Versão 24/07/09: {{:pessoais:abtmartins:rbras0709corrigido.rnw|rbras0709corrigido.rnw}} {{:pessoais:abtmartins:rbras0709corrigido.pdf|rbras0709corrigido.pdf}} \\ Gráficos no arquivo .pdf: \\ Ao rodar executar o arquivo .rnw os arquivos são alocados em um diretório figs e recebem nomes diferentes dos que estão a seguir, mas são idênticos. {{:pessoais:abtmartins:artigo1-001.eps?200|}} {{:pessoais:abtmartins:artigo1-002.eps?200|}} {{:pessoais:abtmartins:artigo1-003.eps?200|}} {{:pessoais:abtmartins:artigo1-004.eps?200|}} {{:pessoais:abtmartins:artigo1-005.eps?200|}}\\ \\ Arquivos obtidos do Cluster\\ {{:pessoais:abtmartins:predgh4s200p7.txt|predgh4s200p7.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:predsimu4s200p7.txt|predsimu4s200p7.txt}}\\ === Primeiros Scripts - versão 18/05/09 === {{:pessoais:abtmartins:dadosmalha.txt|DadosMalha.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dados.r|dados.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:logvero.r|logvero.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:mgec.r|mgec.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:montamatriz.r|montamatriz.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:funccokri.r|funcCokri.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:transfalr.r|transfALR.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:agl.r|agl.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:fazendocokri.r|fazendocokri.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:volta.cokri.quad.r|volta.cokri.quad.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:voltacokrig.r|voltacokrig.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:bordamq.txt|bordaMQ.txt}}\\ Script para construção do Diagrama Ternário e os gráficos: {{:pessoais:abtmartins:ditermalhaquadrada.r|DiTerMalhaQuadrada.R}}\\ com e sem a média geométrica\\ {{:pessoais:abtmartins:ditermalhaquadrada.jpg?200}} {{:pessoais:abtmartins:ditermalhaquadrada1.jpg?200}} \\ === Pacote geoComp - versão 29/05 === {{:pessoais:abtmartins:geocomp.tar.gz|geoComp.tar.gz}}\\ === Script "mãe": utiliza todas as funções de "primeiros scripts" ou de "geoComp"=== {{:pessoais:abtmartins:scriptenxuto.r|scriptEnxuto.r}} === Slides da Comunicação Oral === {{:pessoais:abtmartins:co.rbras09.ana.pdf|co.rbras09.ana.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:co.rbras09.ana.tex|co.rbras09.ana.tex}}\\ As figuras foram geradas por rbras0709corrigido.Rnw:\\ {{:pessoais:abtmartins:001.eps|001.eps}} {{:pessoais:abtmartins:001.pdf|001.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:002.eps|002.eps}} {{:pessoais:abtmartins:002.pdf|002.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:003.eps|003.eps}} {{:pessoais:abtmartins:003.pdf|003.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:004.eps|004.eps}} {{:pessoais:abtmartins:004.pdf|004.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:005.eps|005.eps}} {{:pessoais:abtmartins:005.pdf|005.pdf}} {{:pessoais:abtmartins:006.eps|006.eps}} {{:pessoais:abtmartins:006.pdf|006.pdf}}\\ Ao compilar não esquecer de criar um diretório figmapas\\ Mapas por quadratura e com 200 e 500 simulações {{:pessoais:abtmartins:rbras0709_200e500simul.rnw|rbras0709_200e500simul.rnw}} {{:pessoais:abtmartins:rbras0709_200e500simul.pdf|rbras0709_200e500simul.pdf}} ===== SeAG 2009 (28/03/09)===== {{:pessoais:abtmartins:seag09.doc|ResumoSeag09}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dadosmalha.txt|DadosMalha.txt}}\\ {{:pessoais:abtmartins:ditermalhaquadrada.r|DiTerMalhaQuadrada.r}} \\ {{:pessoais:abtmartins:ditermalhaquadrada.jpg?200 }} {{:pessoais:abtmartins:ditermalhaquadrada1.jpg?200}} \\ === Arquivos necessários para este tipo de Poster === Devem estar no mesmo diretório dos outros arquivos.\\ {{:pessoais:abtmartins:sciposter.cls|sciposter.cls}}\\ {{:pessoais:abtmartins:a0size.sty|a0size.sty}} \\ === Logotipos presentes no Poster === {{:pessoais:abtmartins:logotipo.jpg?200 }} {{:pessoais:abtmartins:wiki:figs:leg1.jpg?150}} {{:pessoais:abtmartins:home_05.jpg?150}} \\ === Poster === {{:pessoais:abtmartins:posterseag09.pdf|PosterSeag09.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:posterseag09.tex|PosterSeag09.tex}}\\ === Scripts para obtenção dos resultados === {{:pessoais:abtmartins:dados.r|dados.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:mgec.r|mgec.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:montamatriz.r|montamatriz.R}}\\ {{:pessoais:abtmartins:logvero.r|logvero.R}}\\ ===== XI Escola de Modelos de Regressão -03/2009 ===== *{{:pessoais:abtmartins:posterescolarecife09.pdf|Poster.pdf}} *{{:pessoais:abtmartins:posterescolarecife09.tex|Poster.tex}} *{{:pessoais:abtmartins:recife09.pdf|Recife09.pdf}} Resumo\\ *{{:pessoais:abtmartins:recife09.tex|Recife09.tex}} Resumo em .tex\\ *{{:pessoais:abtmartins:reparvore.pdf|reparvore.pdf}} *{{:pessoais:abtmartins:reparvore.odg|reparvore.odg}} ===== Fórum mineiro de estatistica - Apresentação de PJ ===== * {{:pessoais:abtmartins:forumpj.pdf|pdf}} e {{:pessoais:abtmartins:forumpj.tex|fonte tex}} ===== Bibliografia ===== == Artigo Quadratura Gaussiana - Gauss Cordeiro - 31/07/09== {{:pessoais:abtmartins:gauss_hermite.pdf|A note on Gauss-Hermite Quadrature}}\\ == Dados Composicionais == == 04/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:multivariatestatisticalanalysisofcompositionadata.pdf|Multivariate Statistical Analysis of Compositional Data Within the Simplex. John Henry J. Scott.}} == 06/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:557.pdf|Biplots of Compositional Data. John Aitchison and Michael Greenacre.}}\\ {{:pessoais:abtmartins:557-versao2002.pdf|Biplots of compositional data}}\\ {{:pessoais:abtmartins:brehm98b_1_.pdf|brehm98b_1_.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:gq_49_3_p347.pdf| LABUS, M. Compositional Data Analysis as a Tool for Interpretation of Rock Porosity Parameters. Geological Quarterly, Vol. 49, No. 3, pp. 347-354, 2005}} César: ele usa ACP\\ {{:pessoais:abtmartins:paper_bren_batagelj.pdf|paper_bren_batagelj.pdf}}\\ == 06/07/08 == {{:pessoais:abtmartins:p59-1origemdestinorenatoassuncao.pdf|p59-1origemdestinorenatoassuncao.pdf}} == 09/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:usingcompositions.pdf|BOOGAART, K. G. v.d. Using the R package "compositions". Version 0.9, 1. June 2005.}} http://www.stat.boogaart.de/compositions == 10/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:jhg_bragulat.pdf|jhg_bragulat.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:pawlowsky.pdf|pawlowsky.pdf}}\\ {{:pessoais:sn1100-103o0651-0656_tolosanadelgado.pdf|sn1100-103o0651-0656_tolosanadelgado.pdf}}\\ == 11/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:compositionaldataanalysiswherearewe.pdf|AITCHISON, J. EGOZCUE, J.J. Compositional Data Analysis: Where Are We and Where Should We Be Heading. Mathematical Geology, Vol. 37, No.7, Oct. 2005.}} César: Traz a distância de Aitchison.\\ {{:pessoais:abtmartins:dateoriaapratica.pdf|dateoriaapratica.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:dealingwithzerosandmissingvalues.pdf|dealingwithzerosandmissingvalues.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:groupsofpartsandtheirbalanceincompositionaldataanalysis.pdf|groupsofpartsandtheirbalanceincompositionaldataanalysis.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:logratioanalysisandcompositionaldistance.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:logratiosandnaturallawsincompositionaldataanalysis.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:modellingcompositionalchange.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:perfectagregationofbayesiananalysis.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:some_basicconceptsofcompositionalgeometry.pdf|TOLOSANA-DELGADO, R., OTERO, N., PAWLOWSKY-GLAHN, V. Some Basic Concepts of Compositional Geometry. Mathematical Geology, Vol.37, n.7, oct. 2005}} César: Traz a distância de Aitchison e tem exemplo com números, que é o que queríamos!!!!\\ {{:pessoais:abtmartins:understandingpertubationonthesimplex.pdf|understandingpertubationonthesimplex.pdf}} == 12/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:compositionalfinal-vera.pdf|compositionalfinal-vera.pdf}} == 13/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:butlerglasbey_resubmit.pdf|butlerglasbey_resubmit.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:zero_20inflation_20for_20iwsm_202006.pdf|zero_20inflation_20for_20iwsm_202006.pdf}} == 14/01/08 == {{:pessoais:abtmartins:disssco.pdf|disssco.pdf}}dissertação de Simone Obage -Jorge Achcar\\ {{:pessoais:abtmartins:bp0708_seminario_ejardim_10jan08.pdf|bp0708_seminario_ejardim_10jan08.pdf}} == 14/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:thestatisticalanalysisofcompositionaldata.pdf|AITICHISON, J. The Statistical Analysis of Compositional Data.Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological), Vol. 44, No. 2., pp. 139-177, 1982}} == 15/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:testfinal.pdf|testfinal.pdf}} == 16/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:jsm2006-000771.pdf|GRAF, M. Precision of Compositional Data in a Stratified Two-Stage Cluster Sample: Comparison of the Swiss Earnings Structure Survey 2002 and 2004. Asa Section on Survey Research Methods.}} César: Dê uma olhada neste primeiro. == 20/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:ernesto.pdf|ernesto.pdf}} == 21/02/08 == {{:pessoais:abtmartins:fulltext.pdf|fulltext.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:soil.pdf|soil.pdf}}\\ {{:pessoais:abtmartins:vsi.pdf|vsi.pdf}} == datas aleatórias == {{:pessoais:abtmartins:1467-9876_2e00275biplotatichisongreenacre.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:a_concise_guide_to_compositional_data_analysis.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:acpsimplex.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:bp0708_seminario_ejardim_10jan08.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:carles_martin_vera_cancunbarcelo2001.pdf|Mathematical Foundations of Compositional Data Analysis}}\\ {{:pessoais:abtmartins:johnsonseminaruaf2003.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:pawlowskyegozcue2001.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:presentacioneio-upc_nov06.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:principlesofstatistics_comut_ana.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:sildesguttop.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:trs11_interpgupport.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:iamg05_biplotr.ppt|}} == Estatística Espacial - Geoestatística == {{:pessoais:abtmartins:0395.402.280.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:2570-8788-1-pbacarlos.pdf|}}\\ {{:pessoais:artigoalexandra.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:cordeiro_marinho.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:geopref_tingli.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:spatialdatamatlab_leg_.pdf|}}\\ {{:pessoais:abtmartins:art1-4-2005.pdf|}}