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===== AF-722: Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R =====

{{ http://www.maths.qmul.ac.uk/sites/default/files/styles/news_image/public/news-images/bailey_habman2.jpg|}}

==== Detalhes da oferta da disciplina ====

* Professor: [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani]], ([[http://www.leg.ufpr.br|LEG: Laboratório de Estatística e Geoinformação]])
  * Curso: Aberto para alunos de pós-graduação.
  * Pré-requisito: Estatística Experimental.
  * Período: 2014, 1 trimestre.
  * Local: UFPR, Campus I - Agrárias.
  * Horário: Sexta-feira, 14h00-17h00.
  * Atendimento da monitoria:
    * Vanessa Sehaber: Qua 9h00-12h00, LEG - Centro Politécnico ([[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/legmapa.png|mapa]]);
    * Henrique Laureano: Qui 14h00-17h00, LEMID - Agrárias;
  * Cartão de referência: {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/guia_rapido_R.pdf|Guia rápido do usuário R}} - tradução por Conrado Oliveira (ex-aluno).

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==== Referências bibliográficas ====

=== Tutoriais curtos ===

* {{http://www.uft.edu.br/engambiental/prof/catalunha/arquivos/r/r_bruno.pdf|Silva, Diniz & Bortoluzzi - Minicurso de Estatística Básica: Introdução ao R}};
  * Souza, Peternelli & Mello - Software Livre R: aplicação estatística, <fc #0000FF>www2.ufersa.edu.br/portal/view/uploads/setores/137/Apostilas e Tutoriais - R Project/Apostila R - GenMelhor.pdf</fc>
  - Fundamentos da linguagem;
  - Estatística básica e análise gráfica;
  - Modelos de regressão;
  - Estatística Experimental.

@TechReport{ribeiro_jr-leg,
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.pdf},
	year = {2009},
	author = {Paulo Justiniano {Ribeiro Júnior}},
	title = {Introdução ao Ambiente Estatístico R}
}

@TechReport{faraway-cran,
	url = {http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf},
	year = {2002},
	author = {Julian J. Faraway},
	title = {Practical Regression and Anova using {R}}
}

@book{logan2011biostatistical,
  title={Biostatistical Design and Analysis Using R: A Practical Guide},
  author={Logan, M.},
  isbn={9781444362473},
  url={http://books.google.com.br/books?id=ZvOljlNiWGkC},
  year={2011},
  publisher={Wiley}
}

@book{faraway_linear_2005,
        title = {Linear models with R},
	isbn = {9781584884255},
	publisher = {Chapman \& Hall/{CRC}},
	author = {Julian James Faraway},
	year = {2005},
	pages = {244}
}

@book{faraway2005extending,
  title={Extending the Linear Model with R: Generalized Linear, Mixed Effects and Nonparametric Regression Models},
  author={Faraway, J.J.},
  isbn={9780203492284},
  series={Chapman \& Hall/CRC Texts in Statistical Science},
  url={http://books.google.com.br/books?id=ODcRsWpGji4C},
  year={2005},
  publisher={Taylor \& Francis}
}

@book{schabenberger2001contemporary,
  title={Contemporary Statistical Models for the Plant and Soil Sciences},
  author={Schabenberger, O. and Pierce, F.J.},
  isbn={9781584881117},
  lccn={20043254},
  url={http://books.google.com.br/books?id=c2Rr\_J7geGQC},
  year={2001},
  publisher={Taylor \& Francis}
}

@book{dean2013design,
  title={Design and Analysis of Experiments},
  author={Dean, A.M. and Voss, D.},
  isbn={9781475772920},
  series={Springer Texts in Statistics},
  url={http://books.google.com.br/books?id=GnI\_nwEACAAJ},
  year={2013},
  publisher={Springer New York}
}

@book{venables_modern_2002,
	title = {Modern applied statistics with S},
	isbn = {9780387954578},
	publisher = {Birkhäuser},
	author = {William N. Venables and Brian D. Ripley},
	year = {2002},
	pages = {518}
}

@book{hay2011r,
  title={An R Companion to Linear Statistical Models},
  author={Hay-Jahans, C.},
  isbn={9781439873656},
  lccn={2011039833},
  url={http://books.google.com.br/books?id=nNhesIrJ\_PoC},
  year={2011},
  publisher={Taylor \& Francis}
}

@book{matloff2011art,
  title={The Art of R Programming: A Tour of Statistical Software Design},
  author={Matloff, N. and Matloff, N.S.},
  isbn={9781593274108},
  url={http://books.google.com.br/books?id=4jL3sfmP1l8C},
  year={2011},
  publisher={No Starch Press}
}

@book{everitt_handbook_2009,
	edition = {2},
	title = {A Handbook of Statistical Analyses Using R, Second Edition},
	isbn = {1420079336},
	publisher = {Chapman \& Hall},
	author = {Brian S. Everitt and Torsten Hothorn},
	month = jul,
	year = {2009}
}

@book{dalgaard_introductory_2008,
	edition = {2nd},
	title = {Introductory Statistics with R},
	isbn = {0387790535},
	publisher = {Springer},
	author = {Peter Dalgaard},
	month = aug,
	year = {2008}
}

@book{dobson_introduction_2008,
	edition = {3},
	title = {An Introduction to Generalized Linear Models, Third Edition},
	isbn = {1584889500},
	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
	author = {Annette J. Dobson and Adrian Barnett},
	month = may,
	year = {2008}
}

@book{ritz_nonlinear_2008,
	edition = {1},
	title = {Nonlinear Regression with R},
	isbn = {0387096159},
	publisher = {Springer},
	author = {Christian Ritz and Jens Carl Streibig},
	month = nov,
	year = {2008}
}

@book{sarkar_lattice:_2008,
	edition = {1},
	title = {Lattice: Multivariate Data Visualization with R},
	isbn = {0387759689},
	publisher = {Springer},
	author = {Deepayan Sarkar},
	month = mar,
	year = {2008}
}

@book{murrell_r_2005,
	edition = {1},
	title = {R Graphics},
	isbn = {{158488486X}},
	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
	author = {Paul Murrell},
	month = jul,
	year = {2005}
}

</bibtex>

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==== Links úteis =====

== Download e instalação do R e editores ==

* {{http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|R para Windows (executável)}};
  * {{http://andersonmedeiros.com/download-instalacao-sistema-r/|Tutorial de instalação do R para Windows}};
  * {{http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/|R para Ubuntu (instruções)}};
  * {{http://www.rstudio.com/ide/download/desktop|RStudio}};
  * {{http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/|Emacs para Windows (executável)}};
  * {{https://github.com/walmes/emacs|Tutorial para instalar Emacs no Ubuntu e arquivos de configuração (.emacs)}}
  * {{http://sourceforge.net/projects/tinn-r/|Tinn-R (somente Windows)}};
  * {{https://www.youtube.com/watch?v=-SH3qHL2f1g|Vídeo de instalação R, Studio e Rcommander}};

== Cartões de referência para regressão ==

* {{http://www2.kenyon.edu/Depts/Math/hartlaub/Math305%20Fall2011/R.htm|Resumo de comandos R e pacotes para regressão}};
  * {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-refcard-regression.pdf|Cartão de referência para regressão}};

== Regressão e medidas de diagnóstico ==

* {{http://www.stats.ox.ac.uk/~burke/Linear%20Models/Linear%20Models%20Notes.pdf|Slides de curso completo de Regressão Linear}};
  * {{http://statweb.stanford.edu/~jtaylo/courses/stats203/notes/diagnostics.pdf|Slides de medidas de diagnóstico}};
  * {{http://www.stat.purdue.edu/~jennings/stat514/stat512notes/topic5.pdf|Resumo de medidas de diagnóstico}};
  * {{http://courses.washington.edu/b515/l7.pdf|Exemplos de diagnóstico}};
  * {{http://statweb.stanford.edu/~jtaylo/courses/stats203/notes/diagnostics.pdf|Resumo de medidas de diagnóstico (com exemplos)}}

== R e Markdown ==

* {{http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/using_markdown|Usando markdown com o RStudio}};
  * {{https://github.com/adam-p/markdown-here/wiki/Markdown-Cheatsheet|Markdown: guia de sintaxe (1)}};
  * {{http://support.iawriter.com/help/kb/general-questions/markdown-syntax-reference-guide|Markdown: guia de sintaxe (2)}};
  * {{http://yihui.name/knitr/options|Knitr: chunk options and package options}};
  * {{http://www.screenr.com/qcv8|Using knitr in RStudio (Markdown and LaTeX)}} feito pelo desenvolvedor do Knitr, Yihui (video);
  * {{https://onlinecourses.science.psu.edu/stat497r/node/173|Creating a more polished report using R markdown (video)}};
  * {{https://www.youtube.com/watch?v=PF_YTIuGqSs|What is R Markdown? (video)}}

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==== Scripts, notas e documentos ====

{{url>http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/af722-2014-01/ 800px, 600px center}}

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==== Histórico das Aulas do Curso ====

Abaixo o histórico de atividades realizadas em classe e atividades extra classe aplicadas.
  - 14/03:
    * Aula inicial, estrutura do curso, referências bibliográficas, horários, etc;
    * Fundamentos do planejamento de experimento: experimentos vs estudos observacionais, repetição vs replicação, métodos de controle local;
    * Modelo estatístico para representar os experimentos planejados, componentes e pressupostos do modelo, formas de estender o modelo;
    * Falácias comuns à estatística experimental.
  - 21/03:
    * Fatores qualitativos e quantitativos;
    * Fatores de efeito fixo e aleatório;
    * Tipos de arranjos experimentais: fatorial completo/incompleto/fracionado, classificação hierárquica;
    * Modelos estatísticos associados aos experimentos em DIC, DBC e DQL;
    * Tipos de parametrização: zera 1º ou último nível, soma zero, Helmert;
    * Usando o computador para casualizar unidades experimentais;
    * Prática com o R para análise de experimentos em DIC, DBC e DQL.
  - 28/03:
    * Experimentos com amostragem dentro de parcelas;
    * Modelos lineares de efeitos mistos;
    * Prática com o R para análise de experimento em DQL 11x11 com 4 amostras por parcela;
    * Análise dos resíduos e transformação da resposta (proporção amostral) por meio da família Box-Cox;
  - 04/04:
    * Regressão linear simples, polinomial e múltipla;
    * Medidas de diagnóstico e avaliação dos pressupostos;
    * Bandas de confiança e predição;
    * Método stepwise para seleção de modelos;
  - 11/04: <fc #FF0000>(previsto)</fc>
    * Regressão combinada com variáveis categóricas ou regressão na análise de variância;
    * Análise de covariância;
    * Regressão não linear.
  - 18/04
  - 25/04
  - 02/05
  - 09/05
  - 16/05
  - 23/05
  - 30/05
  - 06/06

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==== Avaliações ====

=== Delineamento em DIC, DBC e DQL ===

* Ainda a definir método de avaliação;

=== Regressão linear simples e múltipla ===

* Fazer os exercícios do livro Applied Statistics and Probability for Engineers (5th) [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/MontgomeryASPE5th/ASPE5th.zip|(download)]] (senha: //ASPE5th//);
  * A solução dos exercícios deve ser em forma de tutorial conforme o exemplo em arquivo *.Rmd disponível no [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/af722-2014-01/|diretório de arquivos do Curso]];
  * A tabela com o nome dos alunos e respectivos exercício encontra-se abaixo do código R usado para aleatorizá-los;
  * Os dados para os exercícios estão disponíveis no diretório [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/MontgomeryASPE5th/|walmes/data/MontgomeryASPE5th/]];
  * Veja na sessão [[disciplinas:af722-2014-01#links_uteis|links úteis]] dessa página páginas de documentação do Markdown, do Knitr e tutoriais em vídeo;
  * Assim que concluído, o arquivo *.Rmd e o diretório contendo as figuras devem ser comprimidos para aquivo *.zip ou equivalente e hospedado no datafilehost. O link para download dos arquivos deve ser fornecido em uma caixa de discussão ao final dessa página. O último nome do acadêmico deve **obrigatoriamente** ser usado como nome dos arquivos (ex: zeviani.Rmd, zeviani.zip).
  * O prazo para envio é até às 12h00 do dia 25/12.

<code R>
##-----------------------------------------------------------------------------

u <-
    c("Coutinho", "Gonzales", "Velazco", "Lopes", "Utima",
      "Nascimento", "Portugal", "Deiss", "Rickli", "Lima", "Forero",
      "Pinotti", "Paladini", "Witt", "Cavalieri", "Procopiuk", "Triches",
      "Roese", "Bedrij", "Nazareno")
e11 <-
    c("11.10", "11.11", "11.12", "11.13", "11.14", "11.15", "11.17", 
      "11.35", "11.3", "11.4", "11.5", "11.60", "11.6", "11.70", "11.71", 
      "11.72", "11.73", "11.74", "11.76", "11.78", "11.79", "11.7", 
      "11.80", "11.81", "11.82", "11.83", "11.85", "11.86", "11.87", 
      "11.88", "11.8", "11.90", "11.91", "11.92", "11.94", "11.95", 
      "11.96", "11.9")
e12 <-
    c("12.100", "12.104", "12.10", "12.11", "12.12", "12.13", "12.14", 
      "12.16", "12.17", "12.18", "12.19", "12.5", "12.6", "12.72", 
      "12.73", "12.74", "12.75", "12.7", "12.8", "12.96", "12.97", 
      "12.98", "12.99", "12.9")

## Sorteando.
set.seed(12345)
s11 <- c(sample(u, length(e11)-length(u)),
         sample(u, length(u)))
s12 <- c(sample(u, length(e12)-length(u)),
         sample(u, length(u)))

## Juntando e ordenando.
exerc <- data.frame(aluno=c(s11, s12), ex=c(e11, e12))
exerc <- exerc[with(exerc, order(aluno, ex)),]
nm <- max(table(exerc$aluno))

## Deixando no formato amplo.
e <- 
    as.data.frame(do.call(rbind,
                          lapply(split(exerc, exerc$aluno),
                                 function(i){
                                     v <- vector(mode="character", length=nm)
                                     v[seq_along(i$ex)] <- as.character(i$ex)
                                     v <- c(as.character(i$aluno[1]), v)
                                     v
                                 })))
names(e) <- c("Aluno", sprintf("Ex%i", 1:(ncol(e)-1)))
e[,-1]
             Ex1    Ex2    Ex3   Ex4
Bedrij     11.72  11.78  12.12      
Cavalieri  11.10  11.94  12.10 12.13
Coutinho    11.5  11.90  12.17      
Deiss      11.14   11.9  12.11 12.98
Forero      11.4  11.81   12.7      
Gonzales   11.60  11.91  12.74      
Lima       11.70  11.82  12.72      
Lopes      11.74  11.76  12.73      
Nascimento  11.6   11.7  12.16      
Nazareno   11.71  11.92  12.19      
Paladini   11.86 12.100  12.97      
Pinotti    11.73  11.95   12.6      
Portugal   11.35   11.8  12.99      
Procopiuk  11.13  11.80  12.18      
Rickli      11.3  11.79   12.5      
Roese      11.85   12.8             
Triches    11.11  11.83  12.75      
Utima      11.17  11.88  12.14      
Velazco    11.15  11.87 12.104  12.9
Witt       11.12  11.96  12.96

##-----------------------------------------------------------------------------

</code>

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==== Links para download de arquivos dos participantes ====

=== Passos para disponibilizar arquivos ===

- Subir os arquivos (preferencialmente *.txt para dados) site {{http://www.datafilehost.com/|datafilehost}};
  - Seguir as etapas caixas numeradas da figura abaixo: 1 - escolher o arquivo, 2 - fazer upload, 3 - copiar o link para colar na mensagem e 4 - em caso de erro use o link para deletar o arquivo;
  - Junto ao link para o arquivo coloque informações sobre o mesmo livro do qual foi retirado, página, número da tabela, nomenclatura das variáveis, contexto, objetivos da análise, unidade de medida das variáveis. As caixas numeradas indicam: 1 - identificação do remetente, 2 - mensagem contendo informações básicas e link para download, 3 - preenchimento de código de segurança e 4 - para concluir com o envio da mensagem.

{{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/passos_datafilehost.png?800|}}

{{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/passos_discussao.png?800|}}

~~DISCUSSION~~

Por favor digite todas as letras dentro da caixa para provar que você é humano. H S I H D Por favor deixe esse campo em branco:

Resumo da edição

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