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dicas:lcpad [2009/04/16 11:10] – paulojusdicas:lcpad [2015/06/12 16:05] (atual) – [Uso do R no LCPAD] paulojus
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 ==== Conta no LCPAD ==== ==== Conta no LCPAD ====
-Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.+Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado.  
 +No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
  
 ==== Acesso ==== ==== Acesso ====
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   * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''lcpad.ufpr.br'' mas não nas demais.   * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''lcpad.ufpr.br'' mas não nas demais.
   * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/home/users/est/LOGIN''   * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/home/users/est/LOGIN''
-  * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //ZSHELL//. Para mais detalhes [[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo.+  * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/bin/zsh)//. Para mais detalhes [[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo. 
 +   
 +//Sugestão:// 
 +  * usar a servidora ''lcpad.ufpr.br'' para sessões interativas e/ou ''jobs'' rápidos 
 +  * usar as demais para ''jobs'' mais longos e/ou múltiplos ''jobs'' 
 +  * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''normas'') tais como ''a01-a10'', ''h01-h04'', ''o01-o03'' (**dentre outras**).  
 +  * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''lcpad'':<code> 
 +lcpad % carga 
 +</code> 
 +  * para acessar uma delas use o ''rlogin''<code> 
 +lcpad % rlogin bl03 
 +bl03 % 
 +</code> 
 + 
 +Note que o ''rlogin'' funciona mas é um link para ''ssh''.
  
 ==== Uso do R no LCPAD ==== ==== Uso do R no LCPAD ====
 +
 Existem duas versões do programa ''R'' disponíveis no LCPAD Existem duas versões do programa ''R'' disponíveis no LCPAD
   - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''lcpad.ufpr.br''** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<code>   - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''lcpad.ufpr.br''** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<code>
-% R </code> +% /home/users/est/paulojus/R/bin/R </code> 
-e para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<code>+Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema<code> 
 +% alias R='/home/users/est/paulojus/R/bin/R' 
 +</code> 
 + 
 +Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<code>
 % R CMD BATCH seu_programa.R & % R CMD BATCH seu_programa.R &
 % tail -f seu_programa.Rout % tail -f seu_programa.Rout
 </code>  </code> 
   - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''R'' que chamamos de ''Rnox''. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''.bashrc'' e/ou ''.zshrc'' (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <code>   - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''R'' que chamamos de ''Rnox''. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''.bashrc'' e/ou ''.zshrc'' (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <code>
-alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/R/bin/R" +alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" 
 source .bashrc source .bashrc
 source .zshrc source .zshrc
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 ==== Processos, logout, interrupções, etc ==== ==== Processos, logout, interrupções, etc ====
  
-**Usando o zshell** se um processo em BATCH é iniciado com <code>+**Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com <code>
 % Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </code> % Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </code>
 ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina. ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina.
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 Existem diferentes estratégias para contornar isto: Existem diferentes estratégias para contornar isto:
   - Mudar o seu //shell// para o ''bash'' ([[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo)   - Mudar o seu //shell// para o ''bash'' ([[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo)
-  - Utilizar ''disown'' ou ''nohup'' no //zshel// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''R'' quanto ''Rnox'')<code>+  - Utilizar ''disown'' ou ''nohup'' no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''R'' quanto ''Rnox'')<code>
 a02% Rnox CMD BATCH ap.R  & a02% Rnox CMD BATCH ap.R  &
 a02% disown % a02% disown %
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 No caso do ''Rnox'' esta última solução pode ser //automatizada// mudando o seu //alias//  em ''.zshrc'' para:<code> No caso do ''Rnox'' esta última solução pode ser //automatizada// mudando o seu //alias//  em ''.zshrc'' para:<code>
-alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/R/bin/R" +alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" 
 source .zshrc source .zshrc
 </code> </code>
  
 ==== SHELL ==== ==== SHELL ====
-  * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (//shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.+  * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
     * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc''     * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc''
-    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zshell'' e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc''+    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zsh'' (//Z-shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc''
       * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code>       * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code>
 % chsh </code> % chsh </code>
       *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se:<code>       *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se:<code>
-a01% /bin/bash </code>+a01% /bin/bash </code> E para retornar ao ''zsh'' basta digitar <code> 
 +a01% /bin/zsh</code>
       * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: <code>       * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: <code>
 /bin/bash </code> /bin/bash </code>
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 </code> </code>
  
 +
 +==== Acompanhando seus processo ====
 +  - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com <code>
 +% tail -f seu_programa.Rout
 +</code>
 +  - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code>
 +% ps -u SEU_LOGIN 
 +% top
 +</code>
 +  - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:<code>
 +% carga
 +% carga -u 
 +% carga -U 
 +% carga -j 
 +</code>
 +  * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//),
 +  * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina,
 +  * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu. 
 +  * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada máquina.
  
 ==== Finalmente .... ==== ==== Finalmente .... ====
 Vale insistir: não deixe  de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<code> Vale insistir: não deixe  de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<code>
 % normas </code> % normas </code>
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 ==== Agradecimento ==== ==== Agradecimento ====
 Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD. Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.
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