Diferenças

Aqui você vê as diferenças entre duas revisões dessa página.

--- dicas:lcpad [2009/04/16 10:49] – paulojus
+++ dicas:lcpad [2015/06/12 16:05] (atual) – [Uso do R no LCPAD] paulojus
@@ Linha 7: / Linha 7: @@
 ==== Conta no LCPAD ====
-Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
+Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado.
+No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
 ==== Acesso ====
@@ Linha 25: / Linha 26: @@
   * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''lcpad.ufpr.br'' mas não nas demais.
   * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/home/users/est/LOGIN''
-  * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (//shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintexe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
+  * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/bin/zsh)//. Para mais detalhes [[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo.
-    * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc''
-    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zshell'' e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc''
+//Sugestão://
-      * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code>
+  * usar a servidora ''lcpad.ufpr.br'' para sessões interativas e/ou ''jobs'' rápidos
-% chsh </code>
+  * usar as demais para ''jobs'' mais longos e/ou múltiplos ''jobs''
-      *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se:<code>
+  * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''normas'') tais como ''a01-a10'', ''h01-h04'', ''o01-o03'' (**dentre outras**).
-a01% /bin/bash </code>
+  * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''lcpad'':<code>
-      * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: <code>
+lcpad % carga
-/bin/bash </code>
-  * se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:<code>
-% cp ../paulojus/.zshrc .
-% cp ../paulojus/.bashrc .
 </code>
+  * para acessar uma delas use o ''rlogin''<code>
+lcpad % rlogin bl03
+bl03 %
+</code>
+Note que o ''rlogin'' funciona mas é um link para ''ssh''.
 ==== Uso do R no LCPAD ====
 Existem duas versões do programa ''R'' disponíveis no LCPAD
   - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''lcpad.ufpr.br''** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<code>
-% R </code>
+% /home/users/est/paulojus/R/bin/R </code>
-e para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<code>
+Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema<code>
+% alias R='/home/users/est/paulojus/R/bin/R'
+</code>
+Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<code>
 % R CMD BATCH seu_programa.R &
 % tail -f seu_programa.Rout
 </code>
   - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''R'' que chamamos de ''Rnox''. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''.bashrc'' e/ou ''.zshrc'' (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <code>
-alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/R/bin/R"
+alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R"
 source .bashrc
 source .zshrc
@@ Linha 56: / Linha 64: @@
 % Rnox CMD BATCH seu_programa.R &
 </code>
-==== Processos, logout, interrupções, etc ====
-**Usando o zshell** se um processo em BATCH é iniciado com <code>
-% Rpj CMD BATCH seu_programa.R & </code>
-Paulo Justiniano Ribeiro Jr (paulojus@c3sl.ufpr.br) wrote on 14 April 2009 23:54:
+==== Processos, logout, interrupções, etc ====
- >se rodo um 'batch job' do R como por exemplo:
- >
- >Rpj CMD BATCH ap.R  &
- >
- >e tento me deslocar da maquina enquanto rodo o prcesso recebo a msg a
- >seguir e se insisto no logout o processo ??morto.
- >
- >No bash isto nao acontece, e portanto estou imaginando que isto ??alguma
- >configura??o do zsh. Voce teria alguma orienta??o a respeito?
-a02% Rpj CMD BATCH ap.R  &
+**Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com <code>
-[6] 3378
+% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </code>
+ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina.
+Existem diferentes estratégias para contornar isto:
+  - Mudar o seu //shell// para o ''bash'' ([[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo)
+  - Utilizar ''disown'' ou ''nohup'' no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''R'' quanto ''Rnox'')<code>
+a02% Rnox CMD BATCH ap.R  &
 a02% disown %
 a02% exit
+</code>
+e o //job// continua. Ou então:<code>
+a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R  &
+</code>
-e o job continua. Ou ent??
+No caso do ''Rnox'' esta última solução pode ser //automatizada// mudando o seu //alias//  em ''.zshrc'' para:<code>
+alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R"
+source .zshrc
+</code>
-a02% nohup Rpj CMD BATCH ap.R  &
+==== SHELL ====
-[6] 3378
+  * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
+    * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc''
+    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zsh'' (//Z-shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc''
+      * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code>
+% chsh </code>
+      *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se:<code>
+a01% /bin/bash </code> E para retornar ao ''zsh'' basta digitar <code>
+a01% /bin/zsh</code>
+      * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: <code>
+/bin/bash </code>
+  * se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:<code>
+% cp ../paulojus/.zshrc .
+% cp ../paulojus/.bashrc .
+</code>
+==== Acompanhando seus processo ====
+  - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com <code>
+% tail -f seu_programa.Rout
+</code>
+  - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code>
+% ps -u SEU_LOGIN
+% top
+</code>
+  - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:<code>
+% carga
+% carga -u
+% carga -U
+% carga -j
+</code>
+  * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//),
+  * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina,
+  * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu.
+  * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada mÃ¡quina.
 ==== Finalmente .... ====
 Vale insistir: não deixe  de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<code>
 % normas </code>
 ==== Agradecimento ====
 Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.

Diferenças

Navegação

Busca

Ferramentas

QR Code