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--- dicas:lcpad [2009/04/16 10:17] – paulojus
+++ dicas:lcpad [2015/06/12 16:05] (atual) – [Uso do R no LCPAD] paulojus
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 ====== Configuração e uso do LCPAD ======
-O LCPAD é o cluster que disponibiliza recursos computacionais para computação na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.
+O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho -
+disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.
-O sistema disponibiliza várias máquinas com muito recurso de processamento e de memória.
+O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos  de processamento e de memória.
 ==== Conta no LCPAD ====
-Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
+Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado.
+No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
 ==== Acesso ====
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   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<code>
 % passwd </code>
-  * uma vez acessada pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se<code>
+  * uma vez acessada a servidora pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite ''"q"'' para sair da página de instruções)<code>
 % normas </code>
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   * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''lcpad.ufpr.br'' mas não nas demais.
   * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/home/users/est/LOGIN''
-  * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (//shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintexe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
+  * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/bin/zsh)//. Para mais detalhes [[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo.
+//Sugestão://
+  * usar a servidora ''lcpad.ufpr.br'' para sessões interativas e/ou ''jobs'' rápidos
+  * usar as demais para ''jobs'' mais longos e/ou múltiplos ''jobs''
+  * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''normas'') tais como ''a01-a10'', ''h01-h04'', ''o01-o03'' (**dentre outras**).
+  * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''lcpad'':<code>
+lcpad % carga
+</code>
+  * para acessar uma delas use o ''rlogin''<code>
+lcpad % rlogin bl03
+bl03 %
+</code>
+Note que o ''rlogin'' funciona mas é um link para ''ssh''.
+==== Uso do R no LCPAD ====
+Existem duas versões do programa ''R'' disponíveis no LCPAD
+  - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''lcpad.ufpr.br''** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<code>
+% /home/users/est/paulojus/R/bin/R </code>
+Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema<code>
+% alias R='/home/users/est/paulojus/R/bin/R'
+</code>
+Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<code>
+% R CMD BATCH seu_programa.R &
+% tail -f seu_programa.Rout
+</code>
+  - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''R'' que chamamos de ''Rnox''. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''.bashrc'' e/ou ''.zshrc'' (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <code>
+alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R"
+source .bashrc
+source .zshrc
+</code>
+Depois disto voce pode rodar processos **em qualquer máquina ** com:
+<code>
+% Rnox CMD BATCH seu_programa.R &
+</code>
+==== Processos, logout, interrupções, etc ====
+**Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com <code>
+% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </code>
+ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina.
+Existem diferentes estratégias para contornar isto:
+  - Mudar o seu //shell// para o ''bash'' ([[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo)
+  - Utilizar ''disown'' ou ''nohup'' no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''R'' quanto ''Rnox'')<code>
+a02% Rnox CMD BATCH ap.R  &
+a02% disown %
+a02% exit
+</code>
+e o //job// continua. Ou então:<code>
+a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R  &
+</code>
+No caso do ''Rnox'' esta última solução pode ser //automatizada// mudando o seu //alias//  em ''.zshrc'' para:<code>
+alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R"
+source .zshrc
+</code>
+==== SHELL ====
+  * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
     * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc''
-    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zshell'' e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc''
+    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zsh'' (//Z-shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc''
       * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code>
 % chsh </code>
       *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se:<code>
-a01% /bin/bash </code>
+a01% /bin/bash </code> E para retornar ao ''zsh'' basta digitar <code>
+a01% /bin/zsh</code>
       * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: <code>
 /bin/bash </code>
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+==== Acompanhando seus processo ====
+  - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com <code>
+% tail -f seu_programa.Rout
+</code>
+  - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code>
+% ps -u SEU_LOGIN
+% top
+</code>
+  - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:<code>
+% carga
+% carga -u
+% carga -U
+% carga -j
+</code>
+  * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//),
+  * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina,
+  * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu.
+  * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada mÃ¡quina.
+==== Finalmente .... ====
+Vale insistir: não deixe  de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<code>
+% normas </code>
+==== Agradecimento ====
+Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.

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