Diferenças
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| dicas:ccad [2010/07/13 19:37] – paulojus | dicas:ccad [2011/10/07 11:32] (atual) – paulojus | ||
|---|---|---|---|
| Linha 20: | Linha 20: | ||
| * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | ||
| * o acesso deve ser feito sempre à servidora '' | * o acesso deve ser feito sempre à servidora '' | ||
| - | * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando '' | ||
| * O acesso à servidora | * O acesso à servidora | ||
| $ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</ | $ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</ | ||
| Linha 34: | Linha 33: | ||
| === Rodando o R === | === Rodando o R === | ||
| - | == Rodando na forma interativa == | + | **IMPORTANTE: |
| + | Para rodar o R (em formato interativo sou submetendo jobs) o primeiro passo é digitar:< | ||
| + | ccad:~> module load mod_R </ | ||
| - | O R foi compilado na servidora do CCAD e está em um diretório **não usual**: | + | Se voce é um usuário regular do R este comando de carregar o modulo |
| - | / | + | |
| - | Portando | + | No momento |
| - | | + | |
| + | - define o camilho de procura de bibliotecas adicionais do R na conta da '' | ||
| - | Para evitar ter que digitar todo este caminho quando for iniciar o R voce pode adicionar no seu arquivo '' | + | == Rodando na forma interativa == |
| - | alias R="/ | + | |
| - | Depois | + | Depois |
| ccad:~> R | ccad:~> R | ||
| Linha 67: | Linha 67: | ||
| Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) | Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) | ||
| - Definir o ambiente de trabalho, basicamente: | - Definir o ambiente de trabalho, basicamente: | ||
| - | * criar um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em '' | + | * criar e entrar em um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em '' |
| + | ccad:~> mkdir SEU_DIRETORIO | ||
| + | ccad:~> cd SEU_DIRETORIO | ||
| + | </ | ||
| * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, | * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, | ||
| - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de '' | - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de '' | ||
| + | #!/bin/bash | ||
| #PBS -S / | #PBS -S / | ||
| + | #PBS -V | ||
| #PBS -m ae | #PBS -m ae | ||
| #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | ||
| + | #PBS -l walltime=6: | ||
| + | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| - | source / | + | R CMD BATCH seu_programa.R </ |
| - | cd DIRETORIO_DE_TRABALHO | + | |
| - | / | + | |
| - Submeter ao cluster < | - Submeter ao cluster < | ||
| ccad:~> qsub run.sh </ | ccad:~> qsub run.sh </ | ||
| - Monitorar o progresso com< | - Monitorar o progresso com< | ||
| - | ccad:~> qstat run.sh</ | + | ccad:~> qstat </ |
| - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R< | - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R< | ||
| ccad:~> tail -f seu_programa.Rout | ccad:~> tail -f seu_programa.Rout | ||
| </ | </ | ||
| - | + | < | |
| - | < | + | |
| O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http:// | O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http:// | ||
| Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | ||
| + | |||
| + | === Tempo de processamento === | ||
| + | |||
| + | Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento. | ||
| + | No exemplo de arquivo '' | ||
| + | este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo: | ||
| + | #PBS -l walltime=6: | ||
| + | Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade. | ||
| === Pacotes do R === | === Pacotes do R === | ||
| - | Pacotes adicionais podem ser instaldos | + | Pacotes adicionais podem ser instalados |
| Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | ||
| - | Para usar pacotes instalados na conta de PJ acrescente a seguinte linha no seu arquivo | + | O módulo do R ('' |
| > .libPaths("/ | > .libPaths("/ | ||
