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dicas:ccad [2010/07/13 17:59] – paulojusdicas:ccad [2011/10/07 11:32] (atual) – paulojus
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   * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.   * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
   * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''ccad.ufpr.br''    * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''ccad.ufpr.br'' 
-  * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''rlogin'' (mais detalhes abaixo) 
   * O acesso à servidora  ''ccad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code>   * O acesso à servidora  ''ccad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code>
-% ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</code>+$ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</code>
   * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD   * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD
   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<code>   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<code>
-% passwd </code>+ccad:~> passwd </code>
 ==== Uso ==== ==== Uso ====
   * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/restrito/dicas/node2.html|comandos básicos do LINUX]]   * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/restrito/dicas/node2.html|comandos básicos do LINUX]]
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 === Rodando o R === === Rodando o R ===
  
-== Rodando na forma interativa == +**IMPORTANTE:**\\ 
 +Para rodar o R (em formato interativo sou submetendo jobs) o primeiro passo é digitar:<code> 
 +ccad:~> module load mod_R </code>
  
-O R foi compilado na servidora do CCAD e está em um diretório **não usual**: +Se voce é um usuário regular do R este comando de carregar o modulo  pode ser colocado em seu ''.bashrc'' para que seja rodado automaticamente sempre que voce acessar o CCAD.
-  /cluster/sw/R +
-****Texto em negrito**** +
-Portando o binário para execução está em: +
-  /cluster/sw/R/bin/R+
  
-Para evitar ter que digitar todo este caminho quando for iniciar o R voce pode adicionar no seu arquivo ''.bashrc'' a seguinte linha: +No momento o modulo do R faz duas coisas: 
-  alias R="/cluster/sw/R/bin/R"+  - define o diretório do executável do R no seu ''PATH'' 
 +  - define o camilho de procura de bibliotecas adicionais do R na conta da ''paulojus'' (para evitar que todos tenham que instalar os pacotes)
  
-Depois disto voce poderá usar o R simplesmente digitando  +== Rodando na forma interativa ==  
-  % R+ 
 +Depois de carregar o modulo do R voce poderá usar o programa de forma interativa simplesmente digitando  
 +  ccad:~> R
  
 == Rodando como em "background" ("BATCH job") == == Rodando como em "background" ("BATCH job") ==
  
 Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH  e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:<code> Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH  e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:<code>
-% R CMD BATCH seu_programa.R & +ccad:~> R CMD BATCH seu_programa.R & 
-% tail -f seu_programa.Rout+ccad:~> tail -f seu_programa.Rout
 </code>  </code> 
  
   - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exemplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com<code>   - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exemplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com<code>
-% tail -f seu_programa.Rout+ccad:~> tail -f seu_programa.Rout
 </code> </code>
   - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code>   - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code>
-% ps -u SEU_LOGIN  +ccad:~> ps -u SEU_LOGIN  
-% top+ccad:~> top
 </code> </code>
  
-<note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster</note>+<note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster. Ou seja, ao invés de fazer como descrito acima devemos submeter processos R da seguinte forma:</note>
  
 Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) Os passos básicos são (adaptar para suas configurações)
   - Definir o ambiente de trabalho, basicamente:   - Definir o ambiente de trabalho, basicamente:
-    * criar um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em ''SEU_DIRETORIO'')+    * criar e entrar em um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em ''SEU_DIRETORIO'')<code> 
 +ccad:~> mkdir SEU_DIRETORIO 
 +ccad:~> cd SEU_DIRETORIO 
 +</code>
     * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, etc. (substituir abaixo em ''seu_programa.R'')     * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, etc. (substituir abaixo em ''seu_programa.R'')
   - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de ''run.sh''.<code>   - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de ''run.sh''.<code>
 +#!/bin/bash
 #PBS -S /bin/bash                #PBS -S /bin/bash               
 +#PBS -V              
 #PBS -m ae                     #PBS -m ae                    
 #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br      #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br     
 +#PBS -l walltime=6:00:00
 +cd $PBS_O_WORKDIR
  
-source /home/paulojus/.bashrc +R CMD BATCH seu_programa.R </code>
-cd DIRETORIO_DE_TRABALHO +
-/cluster/sw/R/bin/R CMD BATCH seu_programa.R </code>+
   - Submeter ao cluster <code>   - Submeter ao cluster <code>
-$ qsub run.sh </code>+ccad:~> qsub run.sh </code>
   - Monitorar o progresso com<code>   - Monitorar o progresso com<code>
-$ qstat run.sh</code>+ccad:~> qstat </code>
   - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<code>   - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<code>
-% tail -f seu_programa.Rout+ccad:~> tail -f seu_programa.Rout
 </code> </code>
  
 +<note>Não esqueça de carregar o modulo do R  como descrito acima quando acessar a sua conta !!!</note>
  
-O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://www.ccad.ufpr.br/wiki/index.php/Submiss%C3%A3osubmissão e controle de processos em sua página]].\\+ 
 +O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://www.ccad.ufpr.br/wiki/index.php/Submiss%C3%A3o|submissão e controle de processos em sua página]].\\
 Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!!
 +
 +=== Tempo de processamento ===
 +
 +Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento.
 +No exemplo de arquivo ''run.sh'' acima já modificamos
 +este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo:
 +   #PBS -l walltime=6:00:00
 +Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade.
  
 === Pacotes do R === === Pacotes do R ===
-Pacotes adicionais podem ser instaldos em sua conta se desejado.+Pacotes adicionais podem ser instalados em sua conta se desejado.
 Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ.
-Para usar pacotes instalados na conta de PJ acrescente a seguinte linha no seu arquivo ''.Rprofile'': +O módulo do R (''mod_R'') faz este direcionamento.  
-  > .libPaths("/home/paulojus/.Rlibs")+  > .libPaths("/home/paulojus/Rlibs")
  
 Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ. Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ.
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