Diferenças
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| dicas:ccad [2010/07/13 16:58] – paulojus | dicas:ccad [2011/10/07 11:32] (atual) – paulojus | ||
|---|---|---|---|
| Linha 20: | Linha 20: | ||
| * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | ||
| * o acesso deve ser feito sempre à servidora '' | * o acesso deve ser feito sempre à servidora '' | ||
| - | * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando '' | ||
| * O acesso à servidora | * O acesso à servidora | ||
| - | % ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</ | + | $ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</ |
| * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD | * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD | ||
| * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:< | * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:< | ||
| - | % passwd </ | + | ccad: |
| ==== Uso ==== | ==== Uso ==== | ||
| * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http:// | * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http:// | ||
| Linha 34: | Linha 33: | ||
| === Rodando o R === | === Rodando o R === | ||
| - | == Rodando na forma interativa == | + | **IMPORTANTE: |
| + | Para rodar o R (em formato interativo sou submetendo jobs) o primeiro passo é digitar:< | ||
| + | ccad:~> module load mod_R </ | ||
| - | O R foi compilado na servidora do CCAD e está em um diretório **não usual**: | + | Se voce é um usuário regular do R este comando de carregar o modulo |
| - | / | + | |
| - | ****Texto | + | |
| - | Portando | + | |
| - | / | + | |
| - | Para evitar ter que digitar todo este caminho quando for iniciar | + | No momento |
| - | | + | - define o diretório do executável do R no seu '' |
| + | | ||
| - | Depois | + | == Rodando na forma interativa == |
| - | | + | |
| + | Depois | ||
| + | | ||
| == Rodando como em " | == Rodando como em " | ||
| Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:< | Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:< | ||
| - | % R CMD BATCH seu_programa.R & | + | ccad: |
| - | % tail -f seu_programa.Rout | + | ccad: |
| </ | </ | ||
| - No '' | - No '' | ||
| - | % tail -f seu_programa.Rout | + | ccad: |
| </ | </ | ||
| - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: < | - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: < | ||
| - | % ps -u SEU_LOGIN | + | ccad: |
| - | % top | + | ccad: |
| </ | </ | ||
| - | <note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster</ | + | <note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster. Ou seja, ao invés de fazer como descrito acima devemos submeter processos R da seguinte forma:</ |
| Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) | Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) | ||
| - | - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico | + | |
| + | * criar e entrar em um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em '' | ||
| + | ccad:~> mkdir SEU_DIRETORIO | ||
| + | ccad:~> cd SEU_DIRETORIO | ||
| + | </ | ||
| + | * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, | ||
| + | | ||
| + | #!/bin/bash | ||
| #PBS -S / | #PBS -S / | ||
| + | #PBS -V | ||
| #PBS -m ae | #PBS -m ae | ||
| #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | ||
| + | #PBS -l walltime=6: | ||
| + | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| - | source / | + | R CMD BATCH seu_programa.R </ |
| - | / | + | |
| - Submeter ao cluster < | - Submeter ao cluster < | ||
| - | $ qsub run.sh </ | + | ccad: |
| - Monitorar o progresso com< | - Monitorar o progresso com< | ||
| - | $ qstat run.sh</ | + | ccad: |
| - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R< | - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R< | ||
| - | % tail -f seu_programa.Rout | + | ccad: |
| </ | </ | ||
| - | + | < | |
| - | + | O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http:// | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http:// | + | |
| Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | ||
| + | === Tempo de processamento === | ||
| + | Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento. | ||
| + | No exemplo de arquivo '' | ||
| + | este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo: | ||
| + | #PBS -l walltime=6: | ||
| + | Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade. | ||
| === Pacotes do R === | === Pacotes do R === | ||
| - | Pacotes adicionais podem ser instaldos | + | Pacotes adicionais podem ser instalados |
| Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | ||
| - | Para usar pacotes instalados na conta de PJ acrescente a seguinte linha no seu arquivo | + | O módulo do R ('' |
| - | .libPaths("/ | + | |
| Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ. | Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ. | ||
| - | |||
| - | |||
