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| dicas:ccad [2010/05/11 15:41] – paulojus | dicas:ccad [2011/10/07 11:32] (atual) – paulojus | ||
|---|---|---|---|
| Linha 20: | Linha 20: | ||
| * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | ||
| * o acesso deve ser feito sempre à servidora '' | * o acesso deve ser feito sempre à servidora '' | ||
| - | * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando '' | ||
| * O acesso à servidora | * O acesso à servidora | ||
| - | % ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</ | + | $ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</ |
| * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD | * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD | ||
| * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:< | * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:< | ||
| - | % passwd </ | + | ccad: |
| ==== Uso ==== | ==== Uso ==== | ||
| * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http:// | * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http:// | ||
| Linha 32: | Linha 31: | ||
| ==== Uso do R no CCAD ==== | ==== Uso do R no CCAD ==== | ||
| - | == Rodando o R === | + | === Rodando o R === |
| - | O R foi compilado na servidora do CCAD e está em um diretório **não usual**: | + | |
| - | / | + | |
| - | Portando | + | **IMPORTANTE: |
| - | /cluster/ | + | Para rodar o R (em formato interativo sou submetendo jobs) o primeiro passo é digitar:< |
| + | ccad:~> module load mod_R </code> | ||
| - | Para evitar ter que digitar todo este caminho quando for iniciar | + | Se voce é um usuário regular do R este comando de carregar |
| - | alias R="/ | + | |
| - | Depois disto voce poderá usar o R simplesmente digitando | + | No momento |
| - | | + | |
| + | - define o camilho de procura de bibliotecas adicionais do R na conta da '' | ||
| - | Lembrando ainda que trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:< | + | == Rodando na forma interativa == |
| - | % R CMD BATCH seu_programa.R & | + | |
| - | % tail -f seu_programa.Rout | + | |
| - | </ | + | |
| - | O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http:// | + | Depois |
| - | Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | + | ccad: |
| - | | + | == Rodando como em " |
| - | % tail -f seu_programa.Rout | + | |
| + | Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:< | ||
| + | ccad:~> R CMD BATCH seu_programa.R & | ||
| + | ccad:~> tail -f seu_programa.Rout | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | | ||
| + | ccad: | ||
| </ | </ | ||
| - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: < | - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: < | ||
| - | % ps -u SEU_LOGIN | + | ccad: |
| - | % top | + | ccad: |
| </ | </ | ||
| + | <note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster. Ou seja, ao invés de fazer como descrito acima devemos submeter processos R da seguinte forma:</ | ||
| + | Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) | ||
| + | - Definir o ambiente de trabalho, basicamente: | ||
| + | * criar e entrar em um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em '' | ||
| + | ccad:~> mkdir SEU_DIRETORIO | ||
| + | ccad:~> cd SEU_DIRETORIO | ||
| + | </ | ||
| + | * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, | ||
| + | - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de '' | ||
| + | #!/bin/bash | ||
| + | #PBS -S / | ||
| + | #PBS -V | ||
| + | #PBS -m ae | ||
| + | #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | ||
| + | #PBS -l walltime=6: | ||
| + | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| + | R CMD BATCH seu_programa.R </ | ||
| + | - Submeter ao cluster < | ||
| + | ccad:~> qsub run.sh </ | ||
| + | - Monitorar o progresso com< | ||
| + | ccad:~> qstat </ | ||
| + | - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R< | ||
| + | ccad:~> tail -f seu_programa.Rout | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | < | ||
| + | |||
| + | |||
| + | O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http:// | ||
| + | Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | ||
| + | |||
| + | === Tempo de processamento === | ||
| + | |||
| + | Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento. | ||
| + | No exemplo de arquivo '' | ||
| + | este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo: | ||
| + | #PBS -l walltime=6: | ||
| + | Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade. | ||
| === Pacotes do R === | === Pacotes do R === | ||
| - | Pacotes adicionais podem ser instaldos | + | Pacotes adicionais podem ser instalados |
| Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | ||
| - | Para usar pacotes instalados na conta de PJ acrescente a seguinte linha no seu arquivo | + | O módulo do R ('' |
| - | .libPaths("/ | + | |
| Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ. | Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ. | ||
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